Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen
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Kann ich meine Proben auch ohne den kostenlosen Barcode schicken?
Leider nicht. Dieser Barcode wird für unsere internen Laborprozesse benötigt und ist wesentlich, um sicherzustellen, dass wir Ihre Proben so effizient wie möglich bearbeiten können. Vielen Dank für Ihre Mitarbeit!
Wie sollen die Fehler bewertet werden, die ich einer Homopolymeregion oder an einer Dam- oder Dcm-Methylierungsstelle entdeckt habe?
Die vorherrschenden Fehlermodi beim Oxford Nanopore-Sequenzieren umfassen Deletionen innerhalb von Homopolymer-Bereichen, Fehler, die an der zentralen Position der Dcm-Methylierungsstelle CCTGG oder CCAGG auftreten, sowie Fehler an der Dam-Methylierungsstelle GATC.
Bitte behandeln Sie diese Regionen daher besonders sorgfältig.
Warum fehlen einige terminalen Nukleotide in meiner linearen Amplikon-Konsensussequenz?
Abhängig von der Sequenz Ihres Probenmaterials kann der Assembler gelegentlich Schwierigkeiten bei der Rekonstruktion der terminalen Enden von linearer DNA haben, was dazu führen kann, dass bis zu 10 Nukleotiden an den 3'- und/oder 5'-Enden Ihres Inserts fehlen.
Wenn Sie dieses Problem bei Ihren Proben feststellen, können Sie die Rohdaten von Ihrem Dashboard herunterladen und die Enden mit Ihrer bevorzugten Methode rekonstruieren.
Werden meine Amplikons nochmals sequenziert, wenn kein Ergebnis erzielt wird?
Für jeden Lauf führen wir mehrere Qualitätskontrollmessungen durch, um den Erfolg der Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung zu bewerten. Wenn alle Messungen zufriedenstellende Ergebnisse zeigen, werden wir Proben, die fehlgeschlagen sind, nicht erneut bearbeiten.
Mit welcher Sequenzabdeckung kann ich für meine klonalen Amplicons rechnen?
Wir bieten keine spezifische Abdeckungsgarantie an. Die Anzahl der generierten Rohdaten kann erheblich je nach Probenqualität variieren. Erfolgreiche Proben, die in der erforderlichen Konzentration eingesendet werden, ergeben in der Regel eine Anzahl von Rohsequenzierungsdaten im Bereich von Dutzenden bis zu Hunderten (oder sogar Tausenden).
Die durchschnittliche Abdeckung Ihrer Probe ist im Ergebnisbericht HTML enthalten, wobei eine Abdeckung von über ~20x auf einen sehr genauen Konsens hinweist.
Kann ich Mischungen von Amplicons einsenden?
Unser Amplicon-Service ist auf eine Population von Molekülen ausgelegt, die klonal ist.
Was passiert, wenn Sie Mischungen einsenden?
Wenn Ihre Arten ausreichend unterschiedlich sind (zum Beispiel in Größe oder Sequenz stark unterschiedlich), wird der Ablauf zunächst versuchen, eine .fasta-Konsensdatei aus der am häufigsten vorkommenden Art zu erstellen. Es wird auch versucht, einen Konsens für andere Arten zu erstellen, deren Lesanzahlen mehr als 20% derjenigen der am häufigsten vorkommenden Art entsprechen. Letztendlich hängt es von der Gesamtqualität der Probe, der Abdeckung und der relativen Häufigkeit/Abbau jeder Art ab, welche Arten einen Konsens erzeugen.
Wie kann ich meine Amplicon-Mischung sequenzieren lassen?
Eurofins Genomics bietet ein umfangreiches Portfolio für die Sequenzierung von Amplicons. Sie werden definitiv den passenden Service für Ihre Bedürfnisse finden: Amplicon-Portfolio >>