NGSelect Amplikon
Next Generation Sequenzierung von Amplikons in fast jeder Größe
NGSELECT – Amplicon ist der ideale Service für Wissenschaftler, die ohne Einschränkung durch die Amplikongröße NGS an PCR-Produkten durchführen möchten. Mit der Amplikon-Sequenzierung von Illumina kann eine extrem hohe Abdeckung erzielt werden, die zur Entdeckung von somatischen Mutationen in komplexen DNA-Proben geeignet ist. Die Amplikon-Sequenzierung mit PacBio ermöglicht die Abdeckung des PCR-Produkts in gesamter Länge ohne die Notwendigkeit einer Assemblierung. Der Wissenschaftler entscheidet frei, welcher Teil des Sequenzierungsablaufs extern in Auftrag gegeben werden soll, einschließlich PCR-Amplifikation und Adapter-Ligation, Sequenzierung oder bioinformatischer Analyse. Dank firmeneigener Protokolle und langjährigem Know-how in NGS können wir in außergewöhnlich kurzer Zeit hochwertige Daten liefern.
Anwendungsbereiche
NGSELECT – Amplicon kann für eine Vielzahl von Anwendungsbereichen eingesetzt werden. Zu den gängigsten Verwendungsmöglichkeiten des Dienstes zählen folgende:
- Screening auf genetische Varianten in komplexen Proben
- Amplikon-Sequenzierung ganzer Gene
- Analyse von schwer sequenzierbaren Genomregionen wie z. B. stark repetitiven Bereichen, GC-reichen Bereichen oder Haarnadelstrukturen
- Amplikon-Sequenzierung ganzer Gene
- Haplotypen-Phasierung zur Analyse der genetischen Kovarianz
- HLA-Allel-Typisierung
- CRISPR-Sequenzierung und Steuerung des Genome Editing
- Sequenzierung des 16S-rRNA-Gens zur Charakterisierung von Mikroorganismen
Besonderheiten von NGSelect Amplikon
- Sequenzierung von Amplikons mit einer Größe von 100 bp bis 6 kb
- Große Auswahl an Illumina- oder PacBio-Sequenzierungsoptionen
- Hochsensitive NGS-Arbeitsabläufe mit reduziertem Bias
- Individuell zugeschnittene Kombinationen von Sequenzierungsmodulen: gezielte Amplikon-Sequenzierung, Bibliothekerstellung inklusive PCR-Amplifikation und Adapter-Ligation sowie bioinformatische Analyse
- Flexible Datenpakete ab 5M Reads
- Multiplexing von bis zu 92 Illumina Proben oder 10 PacBio Proben möglich
NGSELECT – Amplicon ist ein einzigartig konzipierter Service für die Next Generation Sequenzierung (NGS) von Amplikons oder PCR-Produkten Dieser Service bietet dem Forscher die Möglichkeit, nur unsere Sequenzierungskapazitäten auf den Plattformen Illumina oder PacBio zu nutzen. Alternativ hat der Kunde die Wahl, die Sequenzierung mit anderen etablierten Segmenten des Sequenzierungsprozesses (einschließlich der bioinformatischen Analyse) zu kombinieren. Mit diesem Service können Amplikons mit bis zu 6 kb Größe zuverlässig analysiert werden.
Produktdetails
Ausgangsmaterial
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Bibliothekstyp
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Ausgangsmaterial
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| Adapter-Ligation für Illumina |
100 - 500 ng PCR Produkte / Amplikons (bis zu 100 µl, Konzentration > 1 ng/µl
Die Größe der Amplikons sollte idealerweise im Bereich von 100 bp bis 570 bp (absolutes min. 100 bp, absolutes max. 650 bp) für HiSeq und MiSeq liegen
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PacBio-RS-Bibliothek: Adapter-Ligation
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Amplikongröße im Bereich von:
570 bp - 3 kb = 2 µg (max. 40 µl, Konzentration > 50 ng/µl)
3 kb - 6 kb = 4 µg (max. 40µl, Konzentration > 100 ng/µl)
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Spezifikationen
- Illumina-Datenpakete
- garantiert ab 5M Read-Pairs (10 Millionen Reads) pro Paket
- PacBio-Datenpakete
- „Reads of Insert“ ca. 15.000 Reads (für lange Amplikons von 570 bp bis 3 kb Größe)
- „Reads of Insert“ ca. 3.000 Reads (für lange Amplikons von 3 kb bis 6 kb Größe)
- Illumina
- Zusammenführung überlappender Paired-End-Reads
- Datensortierung nach kundenseitig bereitgestellter Markierung
- PacBio
- „Reads of Insert“-Analyse
- Generierung von Konsensussequenzen aus „Reads of Inserts“
- Demultiplexen und Sortieren von Reads (falls zutreffend)
Ab knapp zwei Wochen; von individuellen Projektzielen abhängig
*Weniger Startmaterial? Bitte kontaktieren Sie uns.
Bitte beachten Sie, dass für online angeforderte DNA-Isolierungen nur S1-klassifiziertes Material angenommen wird. Weitere Informationen über die derzeitige Klassifizierung biologischen Materials finden Sie hier (TRBA 466). Für weitere Informationen zur DNA-Isolierung aus Material, das als S2 klassifiziert wurde, wenden Sie sich bitte an uns.