Oligo Analyse Tool

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Antworten auf die häufigsten Fragen finden Sie in unseren FAQ's.

Fragen zu Ihren Sequenzierergebnissen?
Klicken Sie hier

oder Schauen Sie mal in unseren Sequencing Result Guide.

Intro & Info

Eurofins Genomics' Oligo Analyse Tool ermöglicht Ihnen Oligosequenzen auf ihre Eigenschaften zu prüfen bevor Sie die Oligos bestellen. Darüber hinaus hilft Ihnen das Tool die richtigen Oligomengen für Ihre Experimente zu bestellen und Verdünnungen zu erstellen.

Und so funktionierts
1. Wählen Sie den Oligotyp DNA oder RNA
2. Tragen Sie den Namen des Oligos ein
3. Geben Sie die Sequenz ein: ACGT = DNA; (ACGU) = RNA; IUB Codes für Wobbles
4. Klicken Sie auf den entsprechenden Reiter für die Analyse bzw Kalkulation
5. Geben Sie ggf. die erforderlichen Werte ein und lassen anschließend das Tool rechnen
6. Wenn Sie mit den Ergebnissen zufrieden sind, bestellen Sie das Oligo über eine der Buttons

Oligo Analyse Tool

Geben Sie Namen und Sequenz des Oligos ein, das Sie analysieren möchten.

Oligo Information

Typ:

Name:

Sequenz:

Eigenschaften
OD Rechner
Verdünnungen
Self-Dimer Check
PCR Check

Berechnen Sie die physikalischen Eigenschaften wie GC-Gehalt, Schmelztemperatur (Tm) und Extinktionskoeffizient Ihres Oligos sowie reverse und komplementäre Sequenzen.

Analysieren

Ergebnis

Sequenz (5' -> 3'):
Revers-Komplement (5' -> 3'):
Reverse Sequenz (5' -> 3'):
Komplementäre Sequenz (5' -> 3')
Zusammensetzung:
GC-Gehalt [%]:
Schmelztemperatur [°C]:
Extinktionskoeffizient:
Nearest-Neighbor EK: !NEU!

Kalkulieren Sie welche optische Dichte (OD) das Oligo für Ihr Experiment haben muß, um so den richtigen Synthesemaßstab in Ihrer Bestellung wählen zu können. Besuchen Sie dafür unsere Custom DNA Oligos Seite .

Analysieren

Berechnung mit der ursprünglichen Formel. Erfahren Sie mehr!

Berechnung mit der Nearest-Neighbor Formel. Erfahren Sie mehr!

Anzahl d. Experimente:

Menge / Experiment:

Konzentration:*

* Nur notwendig wenn Menge / Experiment in ng / µg angegeben wird.

Ergebnis

Benötigte Menge:

Benötigte OD (260):

Berechnen Sie welches Volumen Sie aus der Stammlösung pipettieren müssen um auf die von Ihnen benötigte finale Oligo-Konzentration zu gelangen. Sie können auch ein finales Volumen angeben, ansonsten kalkuliert das Tool mit 100µl.

Analysieren

Ausgangskonzentration:*

Finale Konzentration:*

Finales Volumen:

* Pflichfeld

Ergebnis

Prüfen Sie Ihr Primer in der PCR eine "Eigenbindung" formen könnte. Solche sog. Self-Dimer Bindungen entsehen, wenn der Primer durch intermolekularen Wechselwirkungen mit sich selbst hybridisiert.

Analysieren

Ergebnis

Prüfen Sie ob Ihre beiden PCR Primer (sense und antinsense) durch intermolekulare Wechselwirkungen miteinander hybridiesieren und damit sog. Cross-Dimere in der PCR bilden können. Nach der Analyse empfiehlt Ihnen das Tool ob die Primer in der PCR eingesetzt werden sollten oder nicht.

Analysieren

Reverse Primer (5' -> 3'):

Ergebnis

















Empfehlung
Dieses Primer Paar sollte nicht in der PCR eingesetzt werden.Nutzen Sie unser PCR Primer Design Tool. Dieses Primer Paar kann in der PCR verwendet werden.

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