Die Metagenomanalyse ermöglicht die Identifizierung von Mikroorganismen unabhängig von taxonomischen genetischen Markern. Die Methode ermöglicht die Identifizierung kultivierbarer und nicht-kultivierbarer Organismen, wie z. B. Bakterien, Archaeen und Viren, sowie einfacher Eukaryoten einschließlich Pilzen und Protisten. Zwar hat Eurofins Genomics am meisten Erfahrung mit der Profilierung der humanen Mikrobiota, wir identifizieren jedoch auch mit Erfolg Elemente aus Mikrobengemeinschaften in Lebensmittel-, Industrie und Umweltproben.