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Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen

Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen

Finden Sie erklärende Informationen zu unseren Produkten und Dienstleistungen, indem Sie auf die folgenden Links klicken.



Welche Dienstleistungen bietet Eurofins Genomics im Bereich Next Generation Sequenzierung an?

Genom-Sequenzierung

  • De novo Sequenzierung von Pilzgenomen
  • De novo Sequenzierung von höheren, eukaryotischen Genomen
  • De novo Sequenzierung von BACs, Viren & Plasmiden
  • Resequenzierung von Genomen

Transkriptom Sequenzierung

  • De novo Transkriptom-Sequenzierung
  • Expression profiling

Resequenzierung & Amplikons

  • Ultratiefe Amplikon-Sequenzierung
  • Resequenzierung mit Hilfe von Sequence Capture
  • Exom-Sequenzierung

Bioinformatik

  • Bioinformatische Lösungen
    wie zum Beispiel den novo Assembly, Mapping, Amplikonvarianzanalyse ...

Wohin schicke ich meine Proben?

Im Falle einer Online Bestellung wird Ihnen am Ende der Bestellung das zuständige Labor angezeigt.

Für Projekte mit einem PDF Angebot, finden Sie die Information in dem Angebot selbst.

Eurofins hat zwei Standorte, wo ihre Proben bearbeitet werden.

Eurofins Genomics
NGS - Laboratory
Anzinger Str. 7a
85560 Ebersberg
Germany

 

Eurofins Genomics Europe Sequencing GmbH
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Konstanz
Germany

Was ist das Prinzip der Illumina HiSeq 2000 Sequenziertechnologie?

Bei der Illumina HiSeq 2000 / MiSeq Technologie werden die zu sequenzierenden DNA-Fragmente zunächst mit der sogenannten Brücken-PCR (Bridge-PCR) amplifiziert. Die Sequenziertechnologie basiert auf dem Einsatz reversibler Farbstoff-Terminatoren.

Bei der Brücken-PCR werden die DNA-Matrizen und Primer an eine zweidimensionale Oberfläche immobilisiert. Die Primer sind so konzipiert, dass sie an die Adaptoren der DNA-Fragmente hybridisieren. In jedem PCR-Zyklus binden die DNA-Fragmente daher an die Primer in der Umgebung und bilden sogenannte Brücken aus. Durch den nachfolgenden Denaturierungsschritt entstehen wieder einzelsträngige, auf der Oberfläche verankerte DNA-Fragmente (Cluster). Für die Sequenzierung der Cluster wird ein universeller Primer an die Adaptoren der DNA-Fragmente hybridisiert.

faq 9.1

Die Sequenzierung der generierten Cluster erfolgt durch die Replikation des komplementären Strangs mit reversiblen Farbstoff-Terminatoren. Dieses sind Desoxynukleotide, die ein Fluorophor und eine Blockierungsgruppe tragen. An die 4 Nukleotide sind jeweils unterschiedliche Fluorophore gebunden. Da die Blockierungsgruppe die DNA-Synthese abbricht, wird der Strang jeweils nur um ein markiertes Nukleotid verlängert. Die Oberfläche wird anschließend gewaschen, um nicht eingebaute Nukleotide zu entfernen. Um die Identität des eingebauten Nukleotids zu identifizieren, wird das Fluoreszenzsignal analysiert. Im Anschluss wird das Fluorophor und die Blockierungsgruppe von dem Nukleotid abgespalten. Die entstehenden vierfarbigen Bilder werden für die Sequenzbestimmung genutzt.

faq 9.2

 

Welche Daten liefern Sie für Illumina HiSeq and MiSeq Projekte aus?

Für Projekte mit dem Illumina HiSeq oder MiSeq erhalten Sie von uns die FASTQ Dateien jedes einzelnen Reads. Die Intensitätswerte und Bilddateien werden während des Laufs automatisch gelöscht und können nicht mitgeliefert werden.

Verfügen Sie über Referenzen für Next Generation Sequenzierung?

Ja wir haben Referenzkunden für alle NGS Anwendungen. Eine Auswahl einiger Publikationen finden sie hier.

Falls Sie eine Referenz für eine spezifische Anwendung benötigen, können Sie uns auch einfach unter genseq-eu@eurofins.com kontaktieren.

Wie liefere ich eine Referenz-Sequenz?

Bitten senden Sie uns die Sequenz in Form eines FASTA- oder NCBI-Files oder übermitteln Sie uns die exakte Referenzsequenz.

Bitte liefern Sie uns die Referenzsequenz per E-Mail an genseq-eu@eurofins.com oder an Ihre Kontaktperson aus dem Vertrieb.

Kann ich eine Vertraulichkeitsvereinbarung erhalten (CDA / NDA)?

Ja. Wir halten entsprechende Vorlagen für Sie bereit. In der Regel sind wir auch gerne bereit, Ihre Vorlage zu verwenden.

Selbstverständlich verpflichten wir uns in unseren Angeboten und allgemeinen Geschäftsbedingungen, Ihre Projekte höchst vertraulich zu behandeln.

Besitze ich das Eigentumsrecht (Intellectual Property) an meinen Daten?

Ja. Als Dienstleistungsunternehmen erheben wir keinerlei Ansprüche auf das geistige Eigentum der von uns bearbeiteten Projekte.

Was bedeutet Coverage Sequenzierung?

Bei der Coverage Sequenzierung wird die DNA so lange sequenziert, bis eine bestimmte Menge an Sequenz-Information - und somit eine bestimmte Abdeckung der Sequenz - erreicht ist.

Beispiel:

  • Für eine einfache Coverage eines Genoms von 3 Mb müssen 3 Millionen Basenpaare sequenziert werden.
  • Für eine 6-fache Coverage ist die Sequenzierung von 18 Millionen Basenpaaren nötig.


Für die Sequenzierung auf Illumina HiSeq 2500 empfehlen wir eine 30-50-fache Coverage.

Wie werden die Daten ausgeliefert?

In Abhängigkeit der Datenmenge versenden wir Ihre Sequenzdaten auf DVDs, USB-Sticks oder Festplatten.

Zusätzlich haben sie die Möglichkeit Ihre Daten von unserem "secure FTP" Server herunterzuladen.

Welche Methoden der Konzentrations- und Qualitätsbestimmung für RNA empfehlen Sie?

Um Ihnen hochwertige Sequenzierdaten zukommen zu lassen, benötigen wir hochwertige Gesamt-RNA.

Für die Konzentrationsbestimmung Ihrer isolierten Gesamt-RNA empfehlen wir entweder spektrometrische Methoden, wie das NanoDrop-System oder Chip-basierte elektrophoretische Methoden, wie den Agilent 2100 Bioanalyzer. Abschätzungen über die RNA-Integrität können entweder mit traditioneller RNA-Gel-Elektrophorese oder mit dem Agilent 2100 Bioanalyzer getroffen werden. In jedem Fall beginnen wir erst dann mit der Herstellung der Bibliothek, wenn Ihre RNA-Probe unsere Qualitätskontrolle erfolgreich bestanden hat.

Welche bioinformatischen Analysen bieten Sie für die Transkriptom-Sequenzierung an?

Typische bioinformatische Dienstleisungen nach einer Transkriptom-Sequenzierung sind: 

Was bedeutet Clustering?

Unter Clustering versteht man den bioinformatischen Prozess, um Sequenzen einer definierten Ähnlichkeit zu gruppieren. Im Unterschied zum Mapping kann das Clustering unabhängig von einer verfügbaren Referenz-Sequenz durchgeführt werden.

Routinemäßig wird Clustering durchgeführt, um

  • Expressionsprofile verschiedener mRNA-Proben zu vergleichen
  • Sequenzen aus Amplikon-Projekten zu gruppieren

Was ist eine de novo Assemblierung?

Eine de novo Assemblierung ist eine Assemblierung von Sequenzen unabhängig von der unterstützenden Information eines Referenz-Genoms von einem verwandten Organismus. Eine de novo Assemblierung kann daher im Vergleich zu der Sequenz des verwandten Organismus eine sehr unterschiedliche Sequenz liefern. Der Vorteil dieser Methode ist daher, dass größere Restrukturierungen, sowie Insertionen und Deletionen schnell detektiert werden können.

Was ist der Unterschied zwischen einem Scaffold und einem Contig?

„Zusammenhängende Nukleotid-Sequenzen“ (Contigs) werden bei Genom-Assemblierungen durch multiple Alignments von ähnlichen Einzel-Sequenzen gebildet. Nach den Alignments liegen multiple Konsensus-Sequenzen aller assemblierten Sequenzen vor, die die Contigs eines Genoms oder der Assemblierung darstellen.

Im Gegensatz dazu ist ein Scaffold eine geordnete Abfolge von Contigs, die durch die Paired-End-Information aus der Sequenzierung von Long-Jumping-Distance Banken oder Mate-Pair-Banken erstellt wird. Scaffolds bestehen immer aus einer Abfolge von Contigs, die durch Lücken voneinander getrennt sind. Diese Lücken können in der Konsensussequenz durch „NNNN“ dargestellt sein.

Was ist ein Mapping?

Im Gegensatz zu einer de novo Assemblierung ist eine auf Mapping basierende Assemblierung (mapped assembly) strikt von einer Referenz-Sequenz abhängig und beinhaltet den Vergleich von Sequenzen mit einer Referenz-Sequenz sowie das Mapping von ähnlichen Sequenzen auf die Referenz-Sequenz. Wenn die Einzel-Sequenzen überlappen, können auch Contigs gebildet werden. Das Mapping erlaubt das Studieren von Mutationen (z.B. SNPs) oder strukturellen Varianten.

Bieten Sie BLASTx- und BLASTn-Analysen an?

Ja. Wir bieten sowohl BLASTx- als auch BLASTn-Alignments gegen Protein- und Nukleotid-Datenbanken an.

Unterschied zwischen BLASTx- und BLASTn-Analyse

Bei der BLASTx-Analyse wird die DNA-Sequenz in alle möglichen Leserahmen translatiert und mit der nichtredundanten NCBI-Protein-Datenbank verglichen. Bei der BLASTn-Analyse wird die DNA-Sequenz mit einer ausgewählten Nukleotid-Datenbank verglichen.

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