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Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen

Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen

Finden Sie erklärende Informationen zu unseren Produkten und Dienstleistungen, indem Sie auf die folgenden Links klicken.



Welches Inview Transcriptome-Paket empfehlen Sie für welchen Anwendungsbereich?

Dies hängt von vielen Faktoren ab, wie u. a. von der Art der Gewebes, der Probenqualität, dem Entwicklungsstadium, den vorhandenen Sequenzen usw. Entnehmen Sie bitte der Tabelle unter „Produktspezifikationen“ Ihre optimale INVIEW TRANSCRIPTOME-Lösung. Die dort angegebenen geschätzten Read-Anzahlen beziehen sich auf humane Proben. Alternativ können Sie uns kontaktieren, um Ihr Projekt mit uns zu besprechen. In bestimmten Fällen ist es möglicherweise ratsam, mit Hilfe eines Testlaufs zu ermitteln, wie viele Reads für Ihren speziellen Zweck oder Organismus benötigt werden.
 
Das Paket Inview Transcriptome Explore gibt Ihnen einen Überblick über die exprimierten Gene und ist ideal zum Erkennen von Unterschieden zwischen Bedingungen oder Experimenten.  
 
Inview Transcriptome Discover verwendet eine strangspezifische RNA-Library kombiniert mit 125 bp Paired-End-Sequenzierung. Somit empfiehlt sich das Paket für die Erkennung von differenziell exprimierten Genen, seltenen und neuen Transkripten sowie für die Entdeckung von Spleißvarianten. Darüber hinaus erlauben die Informationen über die Orientierung des Transkripts eine noch tiefergehende Bestimmung von Genstruktur und Genexpression.  

Brauche ich eine genomische Referenzsequenz?

Ein klar definierter Ensembl-Name (z. B. GRCh37 oder Rnor_5.0) für die annotierte genomische Referenzsequenz muss vor Projektbeginn zur Verfügung gestellt werden. Alternativ kann die Genomsequenz in Fasta bereitgestellt werden (zusammen mit der entsprechenden Annotation im Gene Transfer Format (GTF) oder im GenBank-Format (einschließlich Annotation)). Projekte ohne Referenzgenom können mit De novo-Transkriptom-Sequenzierung, basierend auf der Technologie von PacBio, ergänzt werden.

Welche Ausgangsmaterialien werden akzeptiert?

Gesamt-RNA aus Gewebe, Zellen oder Körperflüssigkeiten von eukaryotischen oder prokaryotischen Organismen wird für die Präparation einer Sequenzier-Library akzeptiert. Zusätzlich zu RNA aus frischem Gewebe kann auch RNA aus FFPE-Proben analysiert werden. Die RNA-Isolation wird als optionale Zusatzleistung angeboten. Bei Fragen zu Ausgangsmaterialien aus anderen Quellen sprechen Sie uns bitte an.

Wieviel Ausgangsmaterial wird benötigt?

Informationen über die für spezielle Methoden der Library-Erstellung benötigte RNA-Menge und -konzentration finden Sie in Ihrem Angebot – oder Sie wenden sich an uns. In der Regel benötigen wir für optimale Ergebnisse 150 ng hochwertige RNA (bis zu 25 µl / optimale Konzentration 6 - 50 ng / µl (maximale Konzentration 200 ng / µl) mit einer OD 260/280 von 1,8 – 2,0 und einer OD 260/230 von 2,0 – 2,2. Möglicherweise kann mit weniger Material begonnen werden, doch dies hängt in hohem Maß von der Qualität des Materials und der gewünschten Library ab. 
Die Qualität und Quantität des bereitgestellten Ausgangsmaterials sind für den Erfolg der Probenvorbereitung entscheidend. Bei Verwendung von zu wenig oder degradiertem, kontaminiertem oder anderweitig geschädigtem Ausgangsmaterial kann die Folge eine sehr geringe Ausbeute, eine fehlgeschlagene Probenvorbereitung sowie eine beeinträchtigte Qualität und Quantität der Sequenzierungsergebnisse sein.

Wird eine RNA-Isolation angeboten?

GATC Biotech kann RNA-Isolation als Zusatzleistung anbieten. Wir haben verschiedene Protokolle zur Isolation von qualitativ hochwertiger RNA aus mehreren Probenarten und Quellen erfolgreich getestet und optimiert. Weitere Informationen zur RNA-Isolation finden Sie in den Produktspezifikationen – oder lassen Sie sich von uns direkt beraten: Wir besprechen mit Ihnen mögliche Methoden der Probenvorbereitung für Ihre individuellen Anforderungen und Projektziele.

Welche Ausgangsmaterialien und Ziele sind zur Durchführung der rRNA-Abreicherung am besten geeignet?

a) Für Eukaryoten: Eine rRNA-Abreicherung empfiehlt sich für (teilweise) degradierte RNA oder bei Sequenzierung der RNA ohne Poly-A-Schwanz. b) Für Prokaryoten empfehlen wir generell eine rRNA-Abreicherung, da eine poly-(A)-Anreicherung von prokaryotischen Transkripten nicht durchführbar ist.
Eine rRNA-Abreicherung kann bei GATC Biotech angefordert werden. Alternativ können Sie uns eine bereits rRNA-abgereicherte/mRNA-angereicherte RNA als Ausgangsmaterial zur Verfügung stellen (20 ng pro Probe (bis zu 15 µl / Konzentration >1,4 ng/µl)). Weitere Informationen finden Sie in den Produktspezifikationen.

Wie effizient ist die rRNA-Abreicherung?

Die Effizienz der RNA-Entfernung richtet sich nach dem Organismus und der Zusammensetzung und Qualität Ihrer Proben-RNA. Bei stark degradierter RNA kann eine Ribo-Abreicherung weniger effizient sein.

Soll ich mein Ausgangsmaterial auf Trockeneis verschicken oder ist Raumtemperatur ausreichend?

RNA muss auf Trockeneis versandt werden, sofern sie nicht mit Ethanol ausgefällt wurde. Gewebe/Zellkulturen müssen in flüssigem Stickstoff oder Trockeneis schockgefroren und auf Trockeneis versandt werden. Alternativ kann frisches Material in „RNAlater“ (z. B. von Ambion, SIGMA oder QIAGEN) stabilisiert und bei Raumtemperatur versandt werden. Bitte prüfen Sie im Voraus, ob der von Ihnen beauftragte Kurier Trockeneisversand anbietet.

Was soll ich tun, wenn meine Probe die Eingangs-QK nicht besteht?

Sollten die Menge, Konzentration und/oder Qualität des Ausgangsmaterials die Voraussetzungen für die Weiterverarbeitung nicht erfüllen, werden wir Sie kontaktieren und mit ihnen das weitere Vorgehen besprechen. Sofern möglich, wird Eurofins Genomics dann zusätzliche Vorverarbeitungsschritte zur Optimierung der Probenqualität empfehlen.

Wo und in welcher Form erhalte ich meine Ergebnisse?

Alle Rohdaten sowie die analysierten Daten können über Ihr sicheres Online-Konto heruntergeladen werden.

Welche Art von BioIT bieten Sie an? Haben Sie Demo-Daten?

Eine kostengünstige, hochwertige bioinformatische Analyse einschließlich Datenfilterung und QK ist optional für jedes Paket erhältlich. Weitere Details siehe „Dateien“ auf dieser Website.

Wohin soll ich meine Proben schicken?

Eurofins Genomics Europe Sequencing GmbH
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Konstanz
Germany

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