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Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen

Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen

Finden Sie erklärende Informationen zu unseren Produkten und Dienstleistungen, indem Sie auf die folgenden Links klicken.



Welche Art von Proben kann verwendet werden?

Für die Mikrobiom-Analyse kann eine Vielzahl von (DNA-) Proben verwendet werden, wie z. B.:
Aus den verschiedensten Quellen isolierte Umweltproben
Proben menschlichen Ursprungs wie z. B. Abstrich, Stuhl, Lavage
Lebensmittelproben für die Qualitätskontrolle und den Nachweis von Pathogenen im industriellen Umfeld wie z. B. Molkereien, Brauereien, fleischverarbeitenden und landwirtschaftlichen Einrichtungen

Wie viel Ausgangsmaterial wird benötigt?

Informationen über die für spezielle Methoden der Bibliothekerstellung benötigte Menge und Konzentration finden Sie in Ihrem Angebot – oder Sie wenden sich an uns. Um optimale Ergebnisse zu erzielen, benötigen wir in der Regel > 10 ng aufgereinigte Doppelstrang-DNA für die PCR-Amplifikation (die Gesamtmenge hängt vom Anteil mikrobieller DNA in der Probe ab). Darüber hinaus muss die DNA RNA-frei sein mit einer OD 260/280 von > 1,8 und OD 260/230 von > 1,9

Welche Art von Daten erhalte ich?

Eurofins Genomics liefert Tabellen (TSV, TXT) mit Auflistungen aller in der analysierten Probe vorhandenen Arten und den dazugehörigen Read-Anzahlen Zusätzlich erhalten Sie alle Rohdaten der Sequenzierung.
Operative taxonomische Einheiten (OTUs), klassifiziert durch BLAST-Analyse gegen eine kontrollierte RDP-Datenbank, werden im Tabellenformat einschließlich taxonomischer Klassifikation bis auf Artniveau dargestellt. Bei der OTU-Zuordnung werden nur die besten Treffer berücksichtigt.
Ein Demo-Datenbericht kann hier abgerufen werden.

Warum wird das 16S-rRNA-Gen für die Klassifizierung von Bakterien verwendet?

Das 16S-rRNA-Gen kommt bei allen Bakterien vor. Auf Grund seiner relativ geringen Größe von etwa 1.500 bp und seiner alternierenden Struktur von konservierten und hypervariablen Regionen (V1-V9) ist das 16S rRNA-Gen gut zur Bestimmung und phylogenetischen Analyse von Mikroorganismen geeignet. Mit dem V1-V8-Primerpaar werden ausgezeichnete Ergebnisse erzielt. Das V1-V9-Primerpaar steht ebenfalls zur Verfügung, jedoch raten wir auf Grund der instabilen Primerbindung an die deutlich kleinere V9-Region von seiner Verwendung ab.

Welche Abdeckung ist für die Mikrobiom-Analyse notwendig?

Die tatsächlich erforderliche Sequenziertiefe hängt in erster Linie von der gewünschten Empfindlichkeit und der Komplexität der Probe ab. Die aktuelle Sequenzabdeckung liegt bei etwa 15.000 Reads pro Lauf. Im Zweifelsfall empfehlen wir, die erforderliche Sequenziertiefe anhand eines Versuchs an einer Untergruppe von Proben zu bestimmen. Gleiches gilt für den Versuchsaufbau beim Poolen von bis zu 10 Proben.

Welche Organismen können nachgewiesen werden?

Eine phylogenetische Charakterisierung und Untersuchung von Mikrobengemeinschaften kann für unterschiedliche Organismen aus komplexen und nicht-komplexen Lebensmittel-, Industrie-, Umwelt- und Klinikproben erfolgen. Allerdings können nicht alle Organismen anhand des 16S-rRNA-Gens vollständig aufgeklärt werden. Die Gattung Bacillus ist ein Bakterium, das nicht allein durch 16S-rRNA-Gensequenzierung ausgesondert werden kann. Derartige technische Einschränkungen können wir überwinden – mit unseren ergänzenden Nachweismethoden im Rahmen unserer Dienstleistung für kundenspezifische Lösungen, deren Qualität derjenigen unserer standardisierten Leistungen in nichts nachsteht.

Welches Produkt soll ich wählen – Inview Microbiome Profiling 2.0 mit Illumina oder Fragen zu Inview Microbiome High Specificity mit Pacific Biosciences?

Beide Leistungen profitieren von optimierten PCR-Bedingungen mit einer extrem niedrigen Chimärenbildung.
Durch den 2 x 300 bp Paired-End Read-Modus ist Inview Microbiome Profiling 2.0 gut für die Sequenzierung mehrerer hypervariabler Regionen auf einmal geeignet. Eine skalierbare Sequenzabdeckung erlaubt eine hohe Sequenziertiefe je nach Bedarf. Die Verwendung modernster chemischer Technologie in Form von Illumina bietet ein hohes Maß an Empfindlichkeit und ermöglicht die Erkennung sogar von sehr geringen Mengen von Taxa in einer komplexen Probe. Darüber hinaus kann dank Multiplexen eine große Menge an Proben parallel und innerhalb kurzer Zeit bearbeitet werden.
Inview Microbiome High Specificity mit PacBio ist die Methode der Wahl für die Sequenzierung der gesamten 16S rDNA bei höchstmöglicher taxonomischer Auflösung. Die Sequenzierung langer Amplikons ermöglicht einen hohen Grad an Spezifität bis zum Artniveau. Der „Reads of Insert“-Ansatz erzeugt hochwertige Daten, für die im Voraus der Grenzwert festgelegt werden kann. Dank des hohen Grades an Empfindlichkeit der vollständigen 16S-Analyse mit SMRT-Sequenzierungstechnologie ist eine Charakterisierung der Mikrobengemeinschaft sogar bei niedrigen Dichten möglich.

Wohin soll ich meine Proben schicken?

Eurofins Genomics Europe Sequencing GmbH
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Konstanz
Germany

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