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Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen

Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen

Finden Sie erklärende Informationen zu unseren Produkten und Dienstleistungen, indem Sie auf die folgenden Links klicken.



Welche Art von Proben kann verwendet werden?

Generell können alle Arten von (DNA-) Proben für die Metagenom-Profilierung verwendet werden, wie z. B.:

  • Proben menschlichen Ursprungs (Abstrich, Stuhl, Lavage)
  • Lebensmittelproben für die Qualitätskontrolle bzgl. Mikroorganismen und den Nachweis von Pathogenen im industriellen Umfeld (Molkereien, Brauereien, fleischverarbeitende und landwirtschaftliche Einrichtungen)
  • Umweltproben

Eurofins Genomics hat besonders viel Erfahrung mit der DNA-Isolierung und Sequenzierung von Stuhlproben

Wieviel Ausgangsmaterial wird benötigt?

Informationen über die für spezielle Methoden der Bibliothekerstellung benötigte Menge und Konzentration finden Sie in Ihrem Angebot – oder Sie wenden sich an uns. Um optimale Ergebnisse zu erzielen, benötigen wir in der Regel > 100 ng aufgereinigte Doppelstrang-DNA (die Gesamtmenge hängt vom Anteil mikrobieller DNA in der Probe ab). Bitte beachten Sie, dass die DNA RNA-frei sein und eine OD 260/280 von > 1,8 und OD 260/230 von > 2,0 haben muss.

Welche Art von Daten erhalte ich?

Eurofins Genomics liefert Tabellen (TSV, TXT) mit Auflistungen aller in der analysierten Probe vorhandenen Gattungen und den jeweiligen Read-Anzahlen. Zusätzlich erhalten Sie alle Rohdaten der Sequenzierung.

Operative taxonomische Einheiten (OTUs), klassifiziert durch BLAST-Analyse gegen geeignete Datenbanken, werden in tabellarischer Form einschließlich taxonomischer Identifizierung dargestellt. Für die OTU-Zuordnung werden nur die besten Treffer berücksichtigt.

Welche Abdeckung ist für die Metagenom-Analyse notwendig?

Die für die Metagenom-Sequenzierung erforderliche Sequenzierungstiefe richtet sich vor allem nach der Komplexität der Probe (der Anzahl und Repräsentation der einzelnen Spezies) sowie nach dem Grad der erwarteten Wirtskontamination. Proben hoher Komplexität mit hohen Hintergrundwerten an Wirts-DNA erfordern mehr Abdeckung als Proben geringerer Komplexität und mit einem geringeren Grad an Wirts-DNA-Kontamination. Im Zweifelsfall empfehlen wir, die erforderliche Sequenzabdeckung anhand eines Pilotversuchs an einer Untergruppe von Proben zu bestimmen.

Garantieren Sie eine bestimmten Output für die Sequenzierung?

Ja, INVIEW METAGENOME EXPLORE beinhaltet eine Garantie für 10 Millionen Read-Paare. Weitere Read-Pakete können separat bestellt werden.

Welche Organismen können nachgewiesen werden?

Die Metagenomanalyse ermöglicht die Identifizierung von Mikroorganismen unabhängig von taxonomischen genetischen Markern. Die Methode ermöglicht die Identifizierung kultivierbarer und nicht-kultivierbarer Organismen, wie z. B. Bakterien, Archaeen und Viren, sowie einfacher Eukaryoten einschließlich Pilzen und Protisten. Zwar hat Eurofins Genomics am meisten Erfahrung mit der Profilierung der humanen Mikrobiota, wir identifizieren jedoch auch mit Erfolg Elemente aus Mikrobengemeinschaften in Lebensmittel-, Industrie und Umweltproben.

Welchen Service soll ich wählen – die gezielte Amplikon-Sequenzierung oder Metagenom-Sequenzierung?

Sowohl Amplikon- als auch Metagenom-Sequenzierung haben jeweils Vorteile und Nachteile.

Ihre Methode der Wahl sollte sich nach Ihrem Forschungsziel richten. Der Erfolg eines Projekts hängt ganz allgemein von mehreren Faktoren ab, wie z. B. von der Zusammensetzung der Gemeinschaft, der Häufigkeit eng verwandter Arten oder Stämme und der Tiefe der Sequenzierungsabdeckung.

Amplikon-Sequenzierung bietet eine zweckmäßige Beurteilung der taxonomischen Zusammensetzung und Vielfalt einer großen Anzahl von Proben. Da man bessere Möglichkeiten hat, feine Unterschiede zwischen Mikrobengemeinschaften zu erkennen, ist die Methode für statistische Vergleiche vorteilhaft, wie z. B. für Fall-Kontroll-Studien oder für Probenahmen aus unterschiedlichen Umgebungen im Lauf der Zeit.

Metagenom-Sequenzierung ist aufgrund der verwendeten Zusammenstellung an Primern frei von taxonspezifischem PCR-Bias. Dies ermöglicht präzisere Darstellungen der analysierten Mikrobiota und zuverlässigere Schätzungen von Artenhäufigkeiten. Darüber hinaus können anhand der Metagenomanalyse sowohl taxonomische als auch funktionelle Eigenschaften einer bestimmten Probe aufgeklärt werden.

Was ist der Unterschied zwischen Inview Metagenome Explore und Inview Metagenome Advance?

Inview Metagenome Explore ist das ideale Produkt für die allgemeine taxonomische Profilierung aller in einem bestimmten Mikrobiom vorhandenen Organismen. Die inbegriffenen 10 Millionen Read-Paare eignen sich zur Analyse von Metagenomen geringer Komplexität sowie auch für eine umfassende Übersicht über Gattungen in komplexen Metagenomen. Eine tiefere Sequenzabdeckung kann anhand von zusätzlichen Read-Paketen erreicht werden.

Inview Metagenome Advance bietet zusätzlich zur taxonomischen Charakterisierung eine detaillierte Beurteilung von Antibiotikaresistenzen und der Funktion in der Gemeinschaft. Das Produkt ist ideal für die Profilerstellung komplexer Metagenome. Für eine tiefere Sequenzabdeckung als die inbegriffenen 10 Millionen Read-Paare können zusätzliche Read-Pakete hinzugefügt werden. Der Service unterstützt bei der Quantifizierung funktioneller Prozesse in einer speziellen Gemeinschaft oder bei der Erkennung zahlreicher Resistenzfaktoren in einer ungestörten natürlichen Umgebung.

Wohin soll ich meine Proben schicken?

Eurofins Genomics Europe Sequencing GmbH
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Konstanz
Germany

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