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Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen


überlappende Reads

Die Fragmentierung genomischer DNA nach dem Agilent SureSelectXT2-Protokoll und die darauffolgende Weiterverarbeitung ergeben eine Normalverteilung der verschiedenen DNA-Fragmentgrößen. Ein kleiner Prozentsatz der entstandenen Fragmente hat eine Insert-Größe von weniger als 300 bp. Die Sequenzierung dieser kleinen Bibliothek-Fragmente mit Paired-End-Reads von 150 bp erzeugt teilweise überlappende Reads, welche die gleichen Basen abdecken; somit entsteht eine künstliche Verdoppelung der Abdeckung an diesen Stellen. Zur Gewährleistung präziser Analysen werden diese Basen aus weiteren Analysen wie z. B. Erkennung von Einzelnukleotid-Varianten (SNV) und Insertionen/Deletionen (InDel) ausgeschlossen. Eurofins Genomics arbeitet kontinuierlich an der Optimierung der Protokolle mit dem Ziel, die Anzahl der überlappenden Reads zu minimieren.

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