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Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen

Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen

Finden Sie erklärende Informationen zu unseren Produkten und Dienstleistungen, indem Sie auf die folgenden Links klicken.



Wo bekomme ich meine Ergebnisse?

Alle Rohdaten sowie die analysierten und assemblierten Daten können über Ihr sicheres Online-Konto heruntergeladen werden. Beispieldaten der De novo-Assemblierung von E. coli DH1 können in der Sektion "Dateien" eingesehen werden. 

Was für eine Abdeckung soll ich verwenden?

In internen Tests konnte gezeigt werden, dass eine Abdeckung von ca. 25-30x mit korrigierten PacBio RS II-Reads zur Gewinnung hochwertiger Genomassemblierungen ausreichend ist. Dies entspricht einer wahrscheinlichen Rohdaten-Abdeckung von ca. 100x. Die Ergebnisse der Assemblierung sind zum großen Teil von der Zusammensetzung des analysierten Genoms abhängig und kann zwischen verschiedenen Organismen schwanken. 

Was für ein Ausgangsmaterial soll ich schicken und wie viel?

Für die Sequenzierung auf dem PacBio RS II ist es entscheidend, qualitativ hochwertige DNA als Ausgangsmaterial zu verwenden. Bei Verwendung von zu wenig oder degradiertem, kontaminiertem oder anderweitig geschädigtem Ausgangsmaterial kann die Folge ein sehr niedriger Ertrag, eine fehlgeschlagene Probenvorbereitung sowie eine beeinträchtigte Qualität und Quantität der Sequenzierungsergebnisse sein. Für optimale Ergebnisse benötigen wir mindestens 8 µg aufgereinigte RNA-freie Doppelstrang-DNA mit hohem Molekulargewicht (Konzentration ca. 80 ng/µl; OD 260/280 ≥ 1,8; OD 260/230 ≥ 2,0).

Garantieren Sie einen bestimmten Output?

Die Sequenzdaten werden unter Berücksichtigung aller Reads-Informationen und unter Verwendung optimierter Programme und Parameter de novo assembliert. Die Anzahl an zusammenhängenden Sequenzen (Contigs), die unzweideutig assembliert werden können, hängt von der Komplexität (Häufigkeit, Länge und Verteilung stark repetitiver oder duplizierter Regionen) des sequenzierten Genoms sowie auch von der Qualität des zur Verfügung gestellten Ausgangsmaterials ab. Daher können wir keine Mindestanzahl von Contigs garantieren.

Welche Art von Qualitätskontrollen führen Sie durch?

Qualität und Quantität jeder eingehenden Probe werden mit entsprechenden Methoden bestimmt. Weitere Qualitätskontrollen erfolgen bei verschiedenen Schritten des Prozesses.

Wohin soll ich meine Proben schicken?

Eurofins Genomics Europe Sequencing GmbH
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Konstanz
Germany

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