Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen



Wie wird der Extinktionskoeffizient eines Oligos berechnet?

Der Extinktionskoeffizient bei 260 nm (e260) ist eine eindeutige physikalische Eigenschaft jedes Oligonukleotids. Definiert wird er als die gemessene Absorption bei 260 nm in einer 1 M wässrigen Lösung bei 20°C durch eine optischen Zelle mit einer Durchtrittslänge von 1 cm (Lambert-Beer`sches Gesetz). 

Purin-Basen zeigen eine höhere Absorption als Pyrimidin-Basen. Interaktionen zwischen benachbarten Basen, wie auch Modifikationen, die bei 260 nm absorbieren, beeinflussen ebenfalls die optische Absorption. Somit hängt der Extinktionskoeffizient stark von der Oligosequenz und der Basenanordnung ab.

Die genaueste Methode zur Berechnung des Extinktionskoeffizienten eines Oligos basiert auf dem Nearest-Neighbour-Modell. Mit folgender Formel kann der Extinktionskoeffizient mit einer Varianz von nur 4% berechnet werden:

EC_Formel

Nutzen Sie unser Oligo Analyse Tool zur einfachen Berechnung von Extinktionskoeffizenten.

Wie wird die molare Masse N eines Oligos aus dem OD Wert berechnet?

Nutzen Sie unser Oligo Analyse Tool zur einfachen Berechnung von molaren Massen. Ansonsten kann folgende Formel verwendet werden:

N [nmol] = OD x 100 / 1.54 x nA + 0.75 x nC + 1.17 x nG + 0.92 x nT

n = die Anzahl des Nukleosids X

Beispiel:
Sequenz: GAA ATG AGT GCT CAT CAC TAC TTC CGC (27mer)

nA=7; nC=8; nG=5; nT=7
OD=12 (gemessen)

N [nmol] = 12 x 100 / 1.54 x 7 + 0.75 x 8 + 1.17 x 5 + 0.92 x 7 = 41.3

 

Wie wird die Masse M aus der molaren Masse N eines Oligos berechnet?

Nutzen Sie unser Oligo Analyse Tool zur einfachen Berechnung der Masse. Ansonsten kann folgende Formel verwendet werden:

M[µg] = N x MW / 1000
MW = Molekulargewicht


Beispiel:
Sequenz: GAA ATG AGT GCT CAT CAC TAC TTC CGC (27mer)

nA=7; nC=8; nG=5; nT=7
MW (berechnet) = 8219 g/mol
N= 41.3 nmol

M[µg] = 41.3 x 8219 / 1000 = 339

Wie wird das Molekulargewicht MW eines Oligos berechnet?

Nutzen Sie unser Oligo Analyse Tool zur einfachen Berechnung des Molekulargewichts. Ansonsten kann folgende Formel verwendet werden:

MW [g/mol]= 249.23 x nA + 240.21 x nT + 265.23 x nG + 225.20 x nC + 63.98 x (s-1) + 2.02

n = Anzahl des Nukleosids X
s = Menge aller Nukleoside der Sequenz


Beispiel:
Sequenz: GAA ATG AGT GCT CAT CAC TAC TTC CGC (27mer)

nA=7; nC=8; nG=5; nT=7

MW [g/mol]= 249.23 x 7 + 240.21 x 7 + 265.23 x 5 + 225.20 x 8+ 63.98 x (s-1) + 2.02 = 8219.33

Wie wird die Schmelztemperatur TM eines Oligos berechnet?

Die Schmelztemperatur TM charakterisiert die Stabilität eines DNA-Hybrids, das von einem Oligo und seinem komplementären Strang gebildet wird. Bei TM 50% bindet ein Oligo an seinem komplementären Strang.

Nutzen Sie unser Oligo Analyse Tool zur Berechnung der Schmelztemperatur. Ansonsten können folgende Formeln verwendet werden:

Sequenz < 15 Basen
TM [°C] = 2(nA + nT) + 4(nG + nC)

Sequenz > 15 Basen
TM [°C] = 69.3 + [41(nG + nC) / s – (650 / s)]

n = Anzahl des Nukleosids X
s = Menge aller Nukleoside der Sequenz


Beispiel:

 Sequenz: GAA ATG AGT GCT CAT CAC TAC TTC CGC (27mer)
nA=7; nC=8; nG=5; nT=7 s= 27

Sequenz < 15 Basen
TM [°C] = 2(7 + 7) + 4(5 + 8) = 80.0

Sequenz > 15 Basen
TM [°C] = 69.3 + [41(5 + 8) / 27] – (650 / 27) = 69.3 + 19.7 – 24.0 = 65.0

Wie wird die Annealing-Temperatur TA eines Oligos berechnet?

Für PCR TA [°C] = [(TM1 + TM2) / 2] – 3

Für Sequenzierung TA [°C] = TM + 3

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