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PROD | u6.1.6
 

 

Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen



Wie liefere ich die Zielsequenz für die Anreicherung?

Die vollständige Zielsequenz muss im FASTA- oder multiplen FASTA-Format geliefert werden. Bei nicht humanen Proben beträgt die minimale Zielsequenz 200 bp. Alle humanen Zielsequenzen <200 bp werden auf Basis der Humangenomsequenz (NCBI Daten auf UCSC) auf 200 bp vergrößert.

Die Zielregion für die Anreicherung kann entweder eine zusammenhängende Region sein oder aus mehreren unabhängigen Regionen bestehen (z.B. Exons). Die maximale Gesamtgröße der Zielsequenz ist durch das gewählte Array-Layout bestimmt.

Wie lange ist die Lieferzeit?

Die Lieferzeit ist von der Größe Ihres individuellen Projekts und der eingesetzten Sequenziertechnologie abhängig. Bitte beziehen Sie sich auf Ihr individuelles Angebot.

Welche Qualitätskontrollen führen Sie vor der Sequenzierung der angereicherten Proben durch?

Die verschiedenen Anreicherungsmethoden (mit Arrays oder in Lösung) enthalten eingebaute Kontroll-Oligonukleotide. Um die Funktionalität der Anreicherung sicherzustellen, führen wir mit der angereicherten und amplifizierten DNA eine qPCR auf die Kontrollregionen durch.

Kann ich Zielsequenzen aus anderen Organismen als dem Menschen selektiv anreichern?

Im Prinzip können individuelle Arrays für jeden beliebigen Organismus konzipiert werden, für den Referenzsequenzen vorliegen.

Wie viel Probenmaterial benötigen Sie für die Anreicherung?

Für die Sequenzanreicherung benötigen wir mindestens 5 µg genomische DNA. Bei den Anreicherungsmethoden von NimbleGen ist keine Amplifikation der DNA vor der Hybridisierung nötig. Potenzielle Bias-Quellen sind damit ausgeschlossen.

Welche Regionen können mit den Roche NimbleGen Anreicherungsmethoden angereichert werden?

Sie können eine beliebige Region auswählen für die Referenzsequenzen vorhanden sind, z.B. lange, durchgängige genomische Regionen, wie z.B. ganze Chromosomen oder nicht durchgängige Regionen, wie z.B. spezifische Exons oder ganze Exome.

Wer besitzt das Design eines Roche NimbleGen Arrays?

Roche NimbleGen besitzt die Designs von Roche NimbleGen Arrays.

Werden die Array-Designdaten für weitere Experimente mit demselben Design aufbewahrt?

Jedes Kunden Array Design wird von Roche NimbleGen aufbewahrt. Sie können in Zukunft weitere Arrays desselben Designs ohne zusätzliche Designkosten bestellen.

Ist es möglich die Anreicherungsarrays ein weiteres Mal zu nutzen?

Roche NimbleGen Anreicherungsarrays können nicht wiederverwendet werden.

Wie ist der Ablauf eines Anreicherungsexperiments mit Arrays oder in Lösung?

  1. Die SeqCap EZ Oligonukleotide werden für die ausgewählte Zielregion entworfen und produziert.
  2. Eine Standard Shotgun-Sequenzierbank wird aus genomischer DNA hergestellt.
  3. Die Sequenzierbank wird mit den SeqCap EZ Oligonukleotiden hybridisiert.
  4. Streptavidin Beads werden verwendet um den Komplex aus Oligonukleotiden und genomischen DNA Fragmenten zu binden.
  5. Ungebundene Fragmente werden durch Waschschritte entfernt.
  6. Die angereicherten Fragmente werden durch PCR amplifiziert.
  7. Die erfolgreiche Anreicherung wird durch qPCR auf Kontrollregionen festgestellt.
  8. Das Endprodukt ist eine für bestimmte Zielregionen angereicherte Sequenzierbibliothek, die mit Next Generation Sequenziertechnologien sequenziert werden kann.

NimbleGen Protocol

© 2009 Roche NimbleGen, Inc.

Wie ist der generelle Ablauf eines Anreicherungsprojekts mit Eurofins Genomics?

  1. Der Kunde wählt entweder ein etabliertes Human Exom Design oder eine beliebige genomische Zielregion für die Anreicherung aus.

  2. Wir veranlassen und erledigen für Sie das Array- oder Oligonukleotid-Design, die Produktion und den Datentransfer.

  3. Wir reichern Ihre genomischen Proben an und stellen die Sequenzierbibliothek her.

  4. Ihre angereicherten Proben können mit dem Illumina HiSeq 2500 sequenziert werden.

  5. Die bioinformatische Analyse beinhaltet das Mapping der Resequenzierungsdaten auf eine Referenzsequenz, SNP-Analysen, eine Qualitätsstatistik, eine Übersicht über die Abdeckung (Coverage), eine Statistik zu den Sequenzzahlen und weitere statistische Analysen.
    Ihre speziellen Anforderungen adressieren wir mit einem individuell zugeschnittenen Bioinformatikprojekt.
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