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PROD | u6.1.6
 

 

Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen


Wie funktioniert Assemblierung und Scaffolding

Bei der Assemblierung werden einzelne überlappende Reads zu längeren Contigs assembliert.
Diese sind zunächst nicht geordnet. Durch das Scaffolding werden die Anordnung und die Orientierung der Contigs bestimmt. Dies kann beispielsweise durch die Sequenzierung von Long Jumping Distance (LJD) -Banken auf einem Illumina Instrument erreicht werden. Dabei werden Paare aus 2 kurzen Sequenzfragmenten erzeugt, die im Genom 3 kbp, 8 kbp, 20 kbp oder 40 kbp voneinander entfernt liegen.

Beim Scaffolding-Prozess werden die LPE-Reads unter Berücksichtigung der ursprünglichen Entfernung mit den Contigs assembliert. Dadurch werden die Contigs angeordnet.

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