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Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen


Unterschied zwischen Scaffold und Contig

„Zusammenhängende Nukleotid-Sequenzen“ (Contigs) werden bei Genom-Assemblierungen durch multiple Alignments von ähnlichen Einzel-Sequenzen gebildet. Nach den Alignments liegen multiple Konsensus-Sequenzen aller assemblierten Sequenzen vor, die die Contigs eines Genoms oder der Assemblierung darstellen.

Im Gegensatz dazu ist ein Scaffold eine geordnete Abfolge von Contigs, die durch die Paired-End-Information aus der Sequenzierung von Long-Jumping-Distance Banken oder Mate-Pair-Banken erstellt wird. Scaffolds bestehen immer aus einer Abfolge von Contigs, die durch Lücken voneinander getrennt sind. Diese Lücken können in der Konsensussequenz durch „NNNN“ dargestellt sein.

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