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Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen



Benötige ich spezielle Software für die weitere Analyse meiner Sequenz-Daten?

Das hängt davon ab, was Sie untersuchen möchten. Sie benötigen spezielle Software für die Analyse der Rohdaten oder Assemblierungsdaten.

Für Softwareempfehlungen stehen wir Ihnen gerne zur Verfügung.

Was bedeutet Clustering?

Unter Clustering versteht man den bioinformatischen Prozess, um Sequenzen einer definierten Ähnlichkeit zu gruppieren. Im Unterschied zum Mapping kann das Clustering unabhängig von einer verfügbaren Referenz-Sequenz durchgeführt werden.

Routinemäßig wird Clustering durchgeführt, um

  • Expressionsprofile verschiedener mRNA-Proben zu vergleichen
  • Sequenzen aus Amplikon-Projekten zu gruppieren

Was ist eine de novo Assemblierung?

Eine de novo Assemblierung ist eine Assemblierung von Sequenzen unabhängig von der unterstützenden Information eines Referenz-Genoms von einem verwandten Organismus. Eine de novo Assemblierung kann daher im Vergleich zu der Sequenz des verwandten Organismus eine sehr unterschiedliche Sequenz liefern. Der Vorteil dieser Methode ist daher, dass größere Restrukturierungen, sowie Insertionen und Deletionen schnell detektiert werden können.

Was ist der Unterschied zwischen einem Scaffold und einem Contig?

„Zusammenhängende Nukleotid-Sequenzen“ (Contigs) werden bei Genom-Assemblierungen durch multiple Alignments von ähnlichen Einzel-Sequenzen gebildet. Nach den Alignments liegen multiple Konsensus-Sequenzen aller assemblierten Sequenzen vor, die die Contigs eines Genoms oder der Assemblierung darstellen.

Im Gegensatz dazu ist ein Scaffold eine geordnete Abfolge von Contigs, die durch die Paired-End-Information aus der Sequenzierung von Long-Jumping-Distance Banken oder Mate-Pair-Banken erstellt wird. Scaffolds bestehen immer aus einer Abfolge von Contigs, die durch Lücken voneinander getrennt sind. Diese Lücken können in der Konsensussequenz durch „NNNN“ dargestellt sein.

Was ist ein Mapping?

Im Gegensatz zu einer de novo Assemblierung ist eine auf Mapping basierende Assemblierung (mapped assembly) strikt von einer Referenz-Sequenz abhängig und beinhaltet den Vergleich von Sequenzen mit einer Referenz-Sequenz sowie das Mapping von ähnlichen Sequenzen auf die Referenz-Sequenz. Wenn die Einzel-Sequenzen überlappen, können auch Contigs gebildet werden. Das Mapping erlaubt das Studieren von Mutationen (z.B. SNPs) oder strukturellen Varianten.

Bieten Sie BLASTx- und BLASTn-Analysen an?

Ja. Wir bieten sowohl BLASTx- als auch BLASTn-Alignments gegen Protein- und Nukleotid-Datenbanken an.

Was ist der Unterschied zwischen einer BLASTx- und BLASTn-Analyse?

Bei der BLASTx-Analyse wird die DNA-Sequenz in alle möglichen Leserahmen translatiert und mit der nichtredundanten NCBI-Protein-Datenbank verglichen. Bei der BLASTn-Analyse wird die DNA-Sequenz mit einer ausgewählten Nukleotid-Datenbank verglichen.

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