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Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen



Welche Dienstleistungen bietet Eurofins Genomics im Bereich Next Generation Sequenzierung an?

Genom-Sequenzierung

  • De novo Sequenzierung von Pilzgenomen
  • De novo Sequenzierung von höheren, eukaryotischen Genomen
  • De novo Sequenzierung von BACs, Viren & Plasmiden
  • Resequenzierung von Genomen

Transkriptom Sequenzierung

  • De novo Transkriptom-Sequenzierung
  • Expression profiling

Resequenzierung & Amplikons

  • Ultratiefe Amplikon-Sequenzierung
  • Resequenzierung mit Hilfe von Sequence Capture
  • Exom-Sequenzierung

Bioinformatik & Spezial Services

  • Bioinformatische Lösungen
    wie zum Beispiel den novo Assembly, Mapping, Amplikonvarianzanalyse ...
  • Banken-Service
  • Proben-Aufreinigung
  • NGS Favourites

Wie kann ich Next Generation Sequenzierung bestellen?

Jedes Next Generation Sequenzierungsprojekt wird in der Regel individuell mit unseren Kunden abgestimmt.

Bitte schicken Sie uns zunächst eine Angebotsanfrage.

Wir arbeiten daraufhin mit Ihnen das Projekt-Layout aus.

Wohin schicke ich meine Proben?

Bitte senden Sie Ihre Proben zusammen mit Ihrem unterschriebenen Angebot an folgende Adresse:

Eurofins Genomics
NGS - Laboratory
Anzinger Str. 7a
85560 Ebersberg
Germany

Wo kann ich mehr über die verschiedenen Sequenziertechnologien erfahren?

Illumina:

Zusätzliche Informationen von Illumina über die Sequenziertechnologie des HiSeq 2500 und des MiSeq finden Sie unter

http://www.illumina.com/applications/sequencing/dna_sequencing.html.

PacBio RS:

Zusätzliche Informationen von PacBio Applied Science über die Sequenziertechnologie des PacBio RS finden Sie unter http://www.pacificbiosciences.com/products/.

Was ist das Prinzip der Illumina HiSeq 2000 Sequenziertechnologie?

Bei der Illumina HiSeq 2000 / MiSeq Technologie werden die zu sequenzierenden DNA-Fragmente zunächst mit der sogenannten Brücken-PCR (Bridge-PCR) amplifiziert. Die Sequenziertechnologie basiert auf dem Einsatz reversibler Farbstoff-Terminatoren.

Bei der Brücken-PCR werden die DNA-Matrizen und Primer an eine zweidimensionale Oberfläche immobilisiert. Die Primer sind so konzipiert, dass sie an die Adaptoren der DNA-Fragmente hybridisieren. In jedem PCR-Zyklus binden die DNA-Fragmente daher an die Primer in der Umgebung und bilden sogenannte Brücken aus. Durch den nachfolgenden Denaturierungsschritt entstehen wieder einzelsträngige, auf der Oberfläche verankerte DNA-Fragmente (Cluster). Für die Sequenzierung der Cluster wird ein universeller Primer an die Adaptoren der DNA-Fragmente hybridisiert.

faq 9.1

Die Sequenzierung der generierten Cluster erfolgt durch die Replikation des komplementären Strangs mit reversiblen Farbstoff-Terminatoren. Dieses sind Desoxynukleotide, die ein Fluorophor und eine Blockierungsgruppe tragen. An die 4 Nukleotide sind jeweils unterschiedliche Fluorophore gebunden. Da die Blockierungsgruppe die DNA-Synthese abbricht, wird der Strang jeweils nur um ein markiertes Nukleotid verlängert. Die Oberfläche wird anschließend gewaschen, um nicht eingebaute Nukleotide zu entfernen. Um die Identität des eingebauten Nukleotids zu identifizieren, wird das Fluoreszenzsignal analysiert. Im Anschluss wird das Fluorophor und die Blockierungsgruppe von dem Nukleotid abgespalten. Die entstehenden vierfarbigen Bilder werden für die Sequenzbestimmung genutzt.

faq 9.2

Auf welche Art können bei der Illumina HiSeq 2500 Sequenzierung die entstehenden Datenmengen an meine Erfordernisse angepasst werden?

Die Flow Cells des Hochdurchsatzmoduls des HiSeq 2500 Instruments sind physikalisch in 8 Kanäle unterteilt. In einem Kanal können bis zu 180 Millionen Cluster von einem oder beiden Enden ansequenziert werden.

Aufgrund der enormen generierten Datenmengen empfehlen wir oft, mehrere Proben parallel in einem Kanal zu sequenzieren. Dazu nutzen wir molekulare Barcodes (Abfolgen spezifischer Nukleotide), um bis zu 12 einzelne Proben in einem HiSeq 2000 Kanal spezifisch zu markieren. Dieses Multiplex-Verfahren ist für die meisten Anwendungen, wie z.B. die mRNA-Sequenzierung oder ChIP-Seq einsetzbar.

Können Sie DNA mit hohem GC-Gehalt oder DNA mit Sekundär- oder Hairpin- Strukturensequenzieren?

Ja, die Sequenzierung mit dem HiSeq 2500 ist ideal für die Sequenzierung von DNA mit hohem GC-Gehalt, da es zu keinen Abbrüchen kommt. Ein hoher oder niedriger GC-Gehalt erschwert allerdings die de novo Assemblierung von Genomen. In diesen Fällen erhält man die besten Assemblierungsergebnisse, wenn eine Kombination aus einer Shotgun und LJD-Bibliotheken sequenziert wird.

Bitte kontaktieren Sie uns bezüglich des Designs der besten Sequenzierstrategie >

Welche Daten liefern Sie für Illumina HiSeq and MiSeq Projekte aus?

Für Projekte mit dem Illumina HiSeq oder MiSeq erhalten Sie von uns die FASTQ Dateien jedes einzelnen Reads. Die Intensitätswerte und Bilddateien werden während des Laufs automatisch gelöscht und können nicht mitgeliefert werden.

Verfügen Sie über Referenzen für Next Generation Sequenzierung?

Ja wir haben Referenzkunden für alle NGS Anwendungen. Eine Auswahl einiger Publikationen finden sie hier.

Falls Sie eine Referenz für eine spezifische Anwendung benötigen, können Sie uns auch einfach unter genseq-eu@eurofins.com kontaktieren.

Wie liefere ich eine Referenz-Sequenz?

Bitten senden Sie uns die Sequenz in Form eines FASTA- oder NCBI-Files oder übermitteln Sie uns die exakte Referenzsequenz.

Bitte liefern Sie uns die Referenzsequenz per E-Mail an genseq-eu@eurofins.com oder an Ihre Kontaktperson aus dem Vertrieb.

Kann ich eine Vertraulichkeitsvereinbarung erhalten (CDA / NDA)?

Ja. Wir halten entsprechende Vorlagen für Sie bereit. In der Regel sind wir auch gerne bereit, Ihre Vorlage zu verwenden.

Selbstverständlich verpflichten wir uns in unseren Angeboten und allgemeinen Geschäftsbedingungen, Ihre Projekte höchst vertraulich zu behandeln.

Besitze ich das Eigentumsrecht (Intellectual Property) an meinen Daten?

Ja. Als Dienstleistungsunternehmen erheben wir keinerlei Ansprüche auf das geistige Eigentum der von uns bearbeiteten Projekte.

Was sind die NGS Favourites?

Unsere NGS Favourites sind vor-definierte Lösungen spezielle NGS Anwendungen. Diese Pakete sind durch unsere langjährige Erfahrung im Bereich NGS enstanden.

Unsere NGS Favourites können sie ganz bequem online bestellen.

Mehr Informationen zu unseren NGS Favourites finden Sie hier.

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