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Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen

Gensynthese / Molekularbiologie

Produkte & Services

Wie optimiert Eurofins Genomics synthetische Gene?

Unsere eigens entwickelte Software GENEius ermöglicht es uns, gelieferte Aminosäure- oder DNA-Sequenzen zu optimieren und beispielsweise an die Codon Usage von beliebigen Organismen anzupassen. Ebenso werden GC-Gehalte angepasst und Repeat- und Hairpin-Strukturen vermieden.
Für Kunden steht unsere GENEius Software online frei zur Verfügung.

In welchen Längen bietet Eurofins Genomics synthetische Gene an?

Wir können Fragmente in jeder Länge synthetisieren. Bitte kontaktieren Sie uns für Ihr individuelles Angebot.

Was ist der Unterschied zwischen einem langen Oligonukleotid und einem synthetischen Gen?

Oligonukleotide sind aufgrund der Synthesechemie in ihrer Länge begrenzt (maximal 120 – 200 Basen lang) und einzelsträngig. Ein synthetisches Gen kann bis zu mehrere tausend Basenpaare lang sein, ist doppelsträngig und kann sowohl linear als auch in einem Vektor kloniert vorliegen.

Worin liegt der Unterschied eines in einen Vektor klonierten und eines linearen Gens?

Es liegt in der Natur der Sache, dass jedes PCR-Produkt aus einem Gemisch aus korrekten und inkorrekten Sequenzen besteht. Aus diesem Grund enthalten nach der Subklonierung nicht alle Klone die erwartete Sequenz. Wir empfehlen daher die Analyse von sechs bis zwölf Klonen für Gene von 300-950 bp.

Gene, die Sie bei uns klonieren lassen, enthalten ausschließlich korrekte Sequenzen. Sie erhalten somit eine Glycerinkultur eines 100%-ig korrekten Klons.

Kloniert Eurofins Genomics Gene in einen Vektor meiner Wahl?

Ja. Zusätzlich zu der Klonierung in unsere Standardvektoren bieten wir die Klonierung in jeden beliebigen Vektor beispielsweise in Expressionsvektoren Ihrer Wahl an.

Bitte senden Sie Ihren spezifischen Vektor1 für die Subklonierung zusammen mit dem Ausdruck der Bestellbestätigung an die folgende Adresse:

Eurofins Genomics
Gensynthese Labor
Anzinger Str. 7a
85560 Ebersberg
Deutschland

Welche Plasmid-Präparationen bietet Eurofins Genomics an?

  • Mini Scale Plasmid-Präparation: 1-10 µg Plasmid-DNA
  • Midi Scale Plasmid-Präparation: 15-50 µg Plasmid-DNA
  • Maxi Scale Plasmid-Präparation: 100-500 µg Plasmid-DNA
  • Mega Scale Plasmid-Präparation: 500 µg-2.5 mg Plasmid-DNA
  • Giga Scale Plasmid-Präparation: up to 10 mg Plasmid-DNA

Mehr Informationen zu unserem Plasmid-Präparations-Service finden Sie hier.

Welchen Qualitätsstandard kann ich erwarten?

Wir verifizieren jedes synthetische Gen über Doppelstrang-Sequenzierung in unserer hausinternen Sequenzierabteilung. Wir garantieren eine Sequenzgenauigkeit von 100% für jedes klonierte Gen.


Der hohe Qualitätsstandard unserer Dienstleistungen wird durch professionelles Qualitätsmanagement gewährleistet. Wir sind nach DIN EN ISO 9001:2000 zertifiziert.

Welche Lieferzeiten muss ich einplanen?

Unsere Standardlieferzeiten (zuzüglich eines Versandtages) sind für:

Standard Gene (bis 1000 bp) 6 Werktage
Standard Gene < 2000 bp 15 - 20 Werktage
Standard Gene < 3000 bp 20 - 25 Werktage
Subklonierung zusätzlich 5 - 10 Werktage

Die Lieferzeiten für unsere Express Gene sind:

Express Gene (bis zu 1000 bp) 4 Werktage
Express Gene (bis zu 1500 bp) 6 Werktage
Express Gene (bis zu 2000 bp) 7 Werktage
Express-Subklonierung zusätzlich 4 Werktage

Behandelt Eurofins Genomics meine Daten vertraulich?

Der komplette Gensynthese-Prozess angefangen von der Oligonukleotidproduktion über die Gensynthese selbst bis hin zur DNA-Sequenzierung wird bei Eurofins Genomics hausintern durchgeführt. Dadurch können wir eine 100%-ige Geheimhaltung garantieren.

Wie kann ich synthetische Gene bestellen?

Wie bestelle ich eine Gensynthese?

Standard und Komplexe Gene können ganz einfach über unser Ecom System bestellt werden.

Alternativ können Sie auch anhand unserer Angebotsformulare auf unserer Website Ihre Anfrage übermitteln. Dies gilt auch für Genbiblioteken.

Nach Eingang Ihrer Anfrage kontaktieren unsere Experten Sie umgehend.

Bestellung von GeneStrands aus dem FASTA-Format

Die GeneStrands-Bestellseite ermöglicht neben der Einzeleingabe von Genen, einen Datei-"Upload" und eine "Copy&Paste" Dateneingabe, die gerade bei der Bestellung vieler GeneStrands sehr hilfreich ist.

Falls Sie Gensequenzen als FASTA format vorliegen haben, so nutzen Sie bitte das "Copy&Paste" Eingabeformat.

Falls Sie FASTA Sequenzen über die Einzeleingabe einkopieren wollen, stellen Sie bitte sicher dass sich keine Umbrüche in der Sequenz befindet.

  • Kopieren Sie ihre FASTA Sequenz in ein leeres Microsoft Word Dokument
  • Ersetzen Sie die Zeilenümbrüche "^p" durch ein Leerzeichen (blank)
  • Dann kann die Sequenz aus Word direkt in das Sequenzfeld der Bestellseite einkopiert werden.

Kann ich den Status meiner Gensynthese-Bestellung verfolgen?

Sollten Sie Ihre Bestellung über unser Ecom System platziert haben, können Sie den Bestellstatus nachverfolgen.

In Ihrem persönlichen Ecom Account sind alle Ihre Bestelldaten für Sie gespeichert und können zu jeder Zeit abgerufen werden.

Ihre Bestellhistorie erreichen Sie, indem Sie auf "my orders" klicken. Hier sehen Sie Ihre Bestellbestätigung und können zudem über einen Zeitraum von zwei Jahren Informationen zu Ihren Bestellungen nachverfolgen.


Sollten Sie hierzu Fragen haben steht Ihnen unser Customer Support Team gerne zur Verfügung.

Allgemeine & Technische Fragen

Für welche Applikationen kann ich synthetische Gene verwenden?

Synthetische Gene können beispielsweise für die Anpassung der Codon Usage zur Optimierung der Gen-Expression, zur Überexpression von Proteinen, für Protein-Engineering, sowie als Standards für Real Time PCR und PCR-Analysen verwendet werden. Synthetische Gene können auch zur Konstruktion von Hybrid-Genen oder zur Produktion von DNA-Impfstoffen dienen. Weiterhin können multiple Varianten eines Gens hergestellt werden.

Was sollte bei dem Design eines Gens berücksichtigt werden?

Die gewünschte Sequenz, welche beispielsweise für ein künstliches Protein kodiert, wird in eine Reihe von überlappenden Oligonukleotiden unterteilt. Um das bestmögliche Ergebnis zu erzielen, sollte die Sequenz der zu assemblierenden Oligonukleotide sorgfältig unter Einhaltung folgender Gesichtspunkte gewählt werden:

  • die Bildung von Hairpin-Strukturen innerhalb der Oligonukleotide sollte vermieden werden
  • wenn hohe Expressionsraten erwünscht sind (beispielsweise für die Protein-Produktion) sollten Sequenzen vermieden werden, die seltene Codons in ein Gen einführen
  • Oligonukleotide mit eindeutigen Restriktionsschnittstellen können für anschließende Manipulationen durch rekombinante DNA-Techniken von Vorteil sein.

 

Eurofins Genomics verwendet die urheberrechtlich geschütze Software GENEius für das Design der Oligonukleotide.

Welche verschiedenen Assembly-Techniken sind möglich?

Grundsätzlich gibt es drei verschiedene Ansätze für das Assembly synthetischer Gene.
In dem von Khorana (Gupta et al. 1968) entwickelten Ansatz wird eine Reihe von überlappenden Oligonukleotiden synthetisiert. Durch das Annealing der Oligonukleotide, bildet sich ein doppelsträngiges DNA-Fragment mit vereinzelten Lücken in beiden Strängen. Diese Lücken werden anschließend mittels einer DNA-Ligase geschlossen. Die DNA-Ligase ist ein Enzym, das eine Phosphordiester-Brücke zwischen dem 5`-Phosphat eines doppelsträngigen Oligonukleotidfragments und dem 3`-Hydroxyl-Ende eines anschließenden doppelsträngigen Oligonukleotidfragments bildet.

Ein zweiter, häufig angewandter Ansatz wurde von Narang (Scarpulla et al. 1982) entwickelt. Diese Methode macht sich der Template-gerichteten, Primer-abhängigen 5’-3’-Synthese-Fähigkeit der DNA-Polymerase I (Klenow-Fragment) zu Nutze. Nach Annealing der Enden der langen Oligonukleotide, füllt die Polymerase die Lücken mit dNTPs auf. Vereinzelte Lücken im Doppelstrang werden anschließend mit DNA-Ligase geschlossen.

Eine alternative Strategie basiert auf der Möglichkeit, sehr lange Oligonukleotidketten herstellen zu können. Bei diesem Ansatz (Rossi et al. 1982) werden zwei Oligonukleotide mit überlappenden 3’-Enden konstruiert. Dieses Konstrukt wird durch die DNA-Polymerase zum Doppelstrang vervollständigt. Nach der Polymerisation können überhängende Enden mittels Restriktionsverdaus generiert werden.

Gewöhnlich werden neu synthetisierte Fragmente und Gene anschließend in einen Vektor kloniert. Zu diesem Zweck ist es notwendig, bei dem Oligonukleotid-Design alle Klonierungsschritte zu beachten. Größere Fragmente können in Untereinheiten unterteilt werden, welche dann separat assembliert werden. Nach der Verifikation der Sequenzen der Untereinheiten werden diese zum Gesamtfragment assembliert.

Wie kann das Molekulargewicht eines Plasmids bestimmt werden?

Jedes bp hat ein spezifisches Molekulargewicht - im Durchschnitt 0,65 Kilodalton. Für ein Plasmid mit 3.000 bp Länge kann das Molekulargewicht wie folgt berechnet werden: 3.000 bp x 0,65 kD pro bp = 1.950 kDa.

Wenn Sie ein synthetisches Gen mit beispielsweise 1.000 bp Länge bestellen, ist dieses in unseren Standardvektor pEX-A2 (2.450 bp) kloniert. Das Molekulargewicht für das entsprechende 3.450 bp Plasmid beträgt dann 2.243 kDa.

Ist eine ortsgerichtete Mutagenese oder eine De Novo Synthese zu bevorzugen?

Wenn die Mutationen zahlreich und über die gesamte Sequenz verteilt sind, empfehlen wir die
De Novo Synthese. Die De Novo Synthese ermöglicht es zusätzlich, andere Eigenschaften der Sequenz anzupassen bzw. zu optimieren, wie beispielsweise die Codon Usage, den GC-Gehalt oder Restriktionsstellen.

Die ortsgerichtete Mutagenese ist anzuraten, wenn nur wenige Modifikationen vorliegen und/oder diese in einem eng begrenzten Bereich innerhalb der Sequenz gebündelt sind.

Können Gene und GeneStrands als qPCR Kontrollen verwendet werden?

Ja. Synthetische Gene und GeneStrands werden auf offenen Robotor produziert. Hier kann man die Möglichkeit einer sehr geringen Kreuzkontamination in seltenen Fällen nicht ausschließen. Wir haben einen täglichen Reinigungs- und Dekontaminationsprozess entwickelt, der solche Fälle so gut wie möglich ausschließen soll. Sollten Sie allerdings mehrere qPCR / sensitive PCR Kontrollen in einer Bestellung haben, empfehlen wir, uns vor der Bestellung zu kontaktieren, um ihre Anforderungen vorab zu besprechen.

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