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Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen



Wie wird der Extinktionskoeffizient eines Oligos berechnet?

In unserem Ecom System steht Ihnen ein kostenfreies Online-Tool (MOPS) zur einfachen Berechnung von Extinktionskoeffizenten zur Verfügung. Der Extinktionskoeffizient bei 260 nm (e260) ist eine eindeutige physikalische Eigenschaft jedes Oligonukleotids. Definiert wird er als die gemessene Absorption bei 260 nm in einer 1 M wässrigen Lösung bei 20°C durch eine optischen Zelle mit einer Durchtrittslänge von 1 cm (Lambert-Beer`sches Gesetz).
Purin-Basen zeigen eine höhere Absorption als Pyrimidin-Basen. Interaktionen zwischen benachbarten Basen, wie auch Modifikationen, die bei 260 nm absorbieren, beeinflussen ebenfalls die optische Absorption. Somit hängt der Extinktionskoeffizient stark von der Oligosequenz und der Basenanordnung ab.

Der Extinktionskoeffizient eines Oligos kann ungefähr (Abweichungen bis zu 20% sind möglich) mit folgender Formel berechnet werden:

ε260 (mM-1 x cm-1) = (15.4 x nA) + (7.5 x nC) + (11.7 x nG) + (9.2 x nT)

15.4, 7.5, 11.7 und 9.2 entspricht dem monomeren Extinktionskoeffizient in mM-1 cm-1 gemessen bei 260 nm für dA, dC, dG und dT.

Wie wird die molare Masse N eines Oligos aus dem OD Wert berechnet?

In unserem Ecom System steht Ihnen ein kostenfreies Online-Tool (MOPS) zur einfachen Berechnung der molaren Masse zur Verfügung. Ansonsten kann folgende Formel verwendet werden:

N [nmol] = OD x 100 / 1.54 x nA + 0.75 x nC + 1.17 x nG + 0.92 x nT

n = die Anzahl des Nukleosids X


Beispiel:
Sequenz: GAA ATG AGT GCT CAT CAC TAC TTC CGC (27mer)

nA=7; nC=8; nG=5; nT=7
OD=12 (gemessen)

N [nmol] = 12 x 100 / 1.54 x 7 + 0.75 x 8 + 1.17 x 5 + 0.92 x 7 = 41.3

Wie wird die Masse M aus der molaren Masse N eines Oligos berechnet?

In unserem Ecom System steht Ihnen ein kostenfreies Online-Tool (MOPS) zur einfachen Berechnung von zur Verfügung. Ansonsten kann folgende Formel verwendet werden:

M[µg] = N x MW / 1000
MW = Molekulargewicht


Beispiel:
Sequenz: GAA ATG AGT GCT CAT CAC TAC TTC CGC (27mer)

nA=7; nC=8; nG=5; nT=7
MW (berechnet) = 8219 g/mol
N= 41.3 nmol

M[µg] = 41.3 x 8219 / 1000 = 339

Wie wird das Molekulargewicht MW eines Oligos berechnet?

In unserem Ecom System steht Ihnen ein kostenfreies Online-Tool (MOPS) zur einfachen Berechnung zur Verfügung. Ansonsten kann folgende Formel verwendet werden:

MW [g/mol]= 249.23 x nA + 240.21 x nT + 265.23 x nG + 225.20 x nC + 63.98 x (s-1) + 2.02

n = Anzahl des Nukleosids X
s = Menge aller Nukleoside der Sequenz


Beispiel:
Sequenz: GAA ATG AGT GCT CAT CAC TAC TTC CGC (27mer)

nA=7; nC=8; nG=5; nT=7

MW [g/mol]= 249.23 x 7 + 240.21 x 7 + 265.23 x 5 + 225.20 x 8+ 63.98 x (s-1) + 2.02 = 8219.33

Wie wird die Schmelztemperatur TM eines Oligos berechnet?

Die Schmelztemperatur TM charakterisiert die Stabilität eines DNA-Hybrids, das von einem Oligo und seinem komplementären Strang gebildet wird.
Bei TM 50% bindet ein Oligo an seinem komplementären Strang.

In unserem Ecom System steht Ihnen ein kostenfreies Online-Tool (MOPS) zur einfachen Berechnung zur Verfügung.

Ansonsten können folgende Formeln verwendet werden:

Sequenz < 15 Basen
TM [°C] = 2(nA + nT) + 4(nG + nC)

Sequenz > 15 Basen
TM [°C] = 69.3 + [41(nG + nC) / s – (650 / s)]

n = Anzahl des Nukleosids X
s = Menge aller Nukleoside der Sequenz


Beispiel:

 Sequenz: GAA ATG AGT GCT CAT CAC TAC TTC CGC (27mer)
nA=7; nC=8; nG=5; nT=7 s= 27

Sequenz < 15 Basen
TM [°C] = 2(7 + 7) + 4(5 + 8) = 80.0

Sequenz > 15 Basen
TM [°C] = 69.3 + [41(5 + 8) / 27] – (650 / 27) = 69.3 + 19.7 – 24.0 = 65.0

Wie wird die Annealing-Temperatur TA eines Oligos berechnet?

Für PCR TA [°C] = [(TM1 + TM2) / 2] – 3

Für Sequenzierung TA [°C] = TM + 3

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