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Häufig gestellte Fragen zu Produkten und Dienstleistungen

Custom DNA Sequencing

Products & Services

Was sind “Tube Etiketten” – Wann und warum brauche ich diese?

Tube Etiketten haben den Vorteil einer sauberen und eindeutigen Beschriftung Ihrer Probenröhrchen und reduzieren Ihren Papierverbrauch.
Sie werden primär für die Identifizierung Ihrer Auftrags- und Kundendaten benötigt, erlauben uns aber zusätzlich eine schnellere und fehlerfreie Bearbeitung Ihrer Proben.
Unsere Tube Etiketten sind für alle Custom Sequencing Services im Tubeformat einsetzbar und sind kostenlos über Ihren Online-Account bestellbar.

Was sind “Prepaid Barcode Labels“?

Prepaid Barcode Labels ist der Prepaid Service für unseren Value Read Tube Sequenzierservice.

Sie erhalten lediglich eine Rechnung für alle bestellten Etiketten und keine weitere Rechnung für Ihre anschließenden Value Read Sequenzieraufträge. Damit reduzieren Sie nicht nur Ihren täglichen administrativen Aufwand und sichern sich Ihr Jahresbudget - mit Hilfe der Prepaid Barcodes können Sie zusätzlich Kosten sparen durch einen geringeren Einkaufspreis im Verhältnis zu dem Value Read Tube Preis.

Die Label sind sowohl für Ihre Value Read Proben als auch für Ihre zu synthetisierenden spezifischen Kundenprimer einsetzbar. Prepaid Barcodes erhalten Sie in 50-er Mengen.

Was sind PlateSeq Kits bzw. PlateSeq Coupons?

PlateSeq Kits und PlateSeq Coupons sind die Prepayment Lösungen für unseren PlateSeq Sequenzierservice.

Jeder PlateSeq Kit wird mit einer 96well Platte und den am besten geeigneten Verschlüssen in einer Metallbox geliefert. Für jede Art von Probenmaterial bieten wir Ihnen den passenden PlateSeq Kit.

PlateSeq Coupons sind Code-Nummern die Ihnen in Ihrem Online Account elektronisch zu Verfügung gestellt werden. Diese können Sie verwenden als:

  • Zweiten Prepaid Sequenzier-Read zusätzlich zu einem unserer PlateSeq Kits (z.B. für forward & reverse Sequenzierungen)
  • Alternative zu unserem PlateSeq Kit für Plasmid DNA, gereinigte PCR Produkte oder premixed Proben zur sofortigen Verwendung

Sie erhalten lediglich eine Rechnung pro Prepaid-Bestellung und keine weitere Rechnung für anstehende PlateSeq Aufträge. Damit reduzieren Sie nicht nur Ihren täglichen administrativen Aufwand und sichern sich Ihr Jahresbudget, mit Hilfe der Prepaid Barcodes können Sie zusätzlich Kosten sparen durch einen geringeren Einkaufspreis im Verhältnis zu dem normalen PlateSeq Preis.

Wie lange werden meine Sequenzierergebnisse gespeichert?

Ihre Sequenzierergebnisse werden nach Fertigstellung 100 Tage lang in Ihrem persönlichem Ecom-Account gespeichert. Sie können während dieses gesamten Zeitraums Ihre Daten herunterladen und abspeichern.

Wie lange lagert Ihr Proben und Primer?

Bei dem Value Read Tube Service lagern wir Ihre kundenspezifischen synthetisierten Primer für einen Zeitraum von sechs Wochen. Ihre DNA und mitgesandte Primer werden bei diesem Service drei Tage nach Projektabschluss entsorgt.
Sowohl für den Sequencing Service à la Carte als auch für unseren PlateSeq Service lagern wir Ihre kundenspezifischen synthetisierten Primer sowie Ihr gesandtes Probenmaterial ebenfalls für einen Zeitraum von sechs Wochen ab Auftragseingang.

Die Primer und Proben für unsere Walking Services lagern wir für Sie drei Monate.

Bei dem GLP-konformen Sequenzierservice lagern wir das gesamte Primer- und Probenmaterial für mindestens ein Jahr.

Kann Eurofins Genomics 16S RNA|oder shRNA mit Sekundärstrukturen sequenzieren?

Ja. Wählen Sie dafür unseren Sequencing Service à la Carte.

Kann Eurofins Genomics Phagen-DNA sequenzieren?

Ja. Wählen Sie dafür unseren Sequencing Service à la Carte

Kann Eurofins Genomics genomische DNA sequenzieren?

Ja. Wählen Sie dafür unseren Sequencing Service à la Carte in Kombination mit unserem PCR-Amplifikationsservice.

Was ist der Unterschied zwischen der Doppelstrangsequenzierung und dem GLP-konformen Sequenzierservice?

Der Unterschied zwischen der Doppelstrangsequenzierung und dem GLP-konformen Sequenzierservice (Analyse mit höchster Qualität gemäß "Guter Labor-Praxis“ (GLP)) besteht in der umfangreichen GLP Projektdokumentation gemäß FDA-Richtlinien. Die durchgehende Qualität unseres GLP-konformen Sequenzierservices garantieren wir durch regelmäßige Kunden- und Prozess- Audits.
Der Sequenzierprozess der GLP-konformen Sequenzierung an sich, definiert für nicht-klinische Laborstudien unterscheidet sich nicht von dem Sequenzierprozess der Doppelstrangsequenzierung. Bei beiden Services wird die Sequenz von beiden Seiten, dem Sense- und dem Antisensestrang, entschlüsselt. Man startet entweder mit zwei Primern und sequenziert von den jeweiligen Sequenzenden mit neu definierten Primern solange weiter, bis man die gesamte Sequenz entschlüsselt hat, oder man definiert auf einer vorhandenen Referenzsequenz die notwendige Anzahl an Forward- und Reverse-Primern und assembliert im Anschluss die erhaltenen Sequenzen.
Typische Anwendungen für den GLP-konformen Sequenzierservice sind beispielsweise Zulassungen bei der FDA oder Patentanmeldungen.

How to order

Wie bestelle ich bei Euch DNA Sequenzierung?

Wir empfehlen als einfachste, komfortabelste und schnellste Möglichkeit über unser online Ordering System (Ecom) zu bestellen.

Falls Sie nicht über die Möglichkeit verfügen, online zu bestellen, können Sie alternativ unsere Orderformulare von unserer Website herunterladen und mitsenden.

Bitte haben Sie dafür Verständnis, dass durch den hohen Grad an Automatisierung unser Value Read Tube und die Ready2Load Sequenzierservices ausschließlich über unser Ecom-System bestellbar sind.

Informationen zur Probenvorbereitung und Probenhandhabung für die einzelnen Services finden Sie auf der jeweiligen Produktseite unter „Sample Submission”.

An welche Adresse sende ich meine Sequenzierproben?

Innerhalb Europas:

 

Deutschland
Eurofins Genomics
Sequencing Department
Anzinger Str. 7a
85560 Ebersberg


Innerhalb der folgenden Länder/Regionen an:

 

United Kingdom
Eurofins Genomics
i54 Business Park
Valiant Way
Wolverhampton
WV9 5GB

Frankreich
Eurofins Genomics
ZA de Courtaboeuf
9 avenue de la Laponie
91978 Les Ulis


Italien

Eurofins Genomics
c/o Regusa
Via Senigallia 18/2
Torre A
20161 Milano

Wie sende ich eine Referenzsequenz zu Eurofins Genomics?

Kopieren Sie Ihre Referenzsequenz in das vorgesehene Feld in dem entsprechenden Ecom-Orderformular.
Alternativ können Sie uns auch die Sequenz per Email senden: sequencing-eu@eurofins.com.

Kann ich mehr als einen Read pro Template-DNA bestellen?

Ja, selbstverständlich.
Mit unserem Einzel- bzw. Doppelstrang-Sequenzierservice sequenzieren wir Ihr komplettes Plasmid oder PCR-Produkt und übernehmen dabei auch das Design und die Synthese für die benötigten Walking Primer.

Für den Sequencing Service à la Carte senden Sie lediglich die entsprechende DNA-Menge oder Ihren Klon in einem Tube zu uns ein und geben die Anzahl an gewünschten Reads in der entsprechenden Orderform an.

Wenn Sie für unseren Value Read Service im Tubeformat einen Klon oder ein ungereinigtes PCR-Produkt für mehr als eine Sequenzreaktion einsenden möchten, beschriften Sie dieses Tube mit dem Probennamen und tragen Sie diesen ebenfalls in die Orderform ein. Für jede gewünschte Sequenzierreaktion legen Sie ein Barcode Labels Ihrer Probe bei (pro Read ein Label). Tragen Sie anschließend jeweils die letzten drei Ziffern dieser Barcode Label in die dafür vorgesehenen Felder Ihres Orderforms ein.
Für Plasmid-DNA oder gereinigte PCR-Produkte für unseren Value Read Tube Service benötigen Sie ein Tube pro bestellte Reaktion.

Wie viele Platten kann ich pro Auftrag einsenden?

Es gibt eine Maximalmenge von 8 Platten pro Auftrag.

Kann ich Sequenzierreaktionen nachbestellen?

Durch unser kostenloses Angebot Ihre Primer und Proben bei PlateSeq, Service à la Carte and Walking Service-Bestellungen für einen Zeitraum von sechs Wochen bzw. drei Monaten zu lagern, haben Sie die Möglichkeit innerhalb dieses Zeitraums neue Sequenzierreaktionen nachzubestellen, ohne Ihre DNA bzw. Ihren Primer nochmals einsenden zu müssen. Das kann ein neuer Read mit einem neuem Primer auf vorhandener DNA oder ein neuer Read mit neuer DNA und vorhandenem Primer sein.
Darüber hinaus haben Sie bei unserem PlateSeq Service nicht nur die Möglichkeit komplette Platten nachsequenzieren zu lassen, Sie können sich auch einzelne Sequenzierreaktionen aus einzelnen Wellpositionen wiederholen lassen.
Verwenden Sie dazu die entsprechenden Orderformulare in unserem Ecom-System und wählen Sie das entsprechende gelagerte Template bzw. die entsprechende Platte zur Nachbestellung aus.

Sample Preparation

Wie soll ich meine Sequenzierproben einsenden?

Sie finden alle Informationen bezüglich Probenaufbereitung, DNA- und Primerkonzentration sowie Transportempfehlungen auf den jeweiligen Produktseiten unter "Probenversand”.

Wie ermittle ich die Konzentration meiner Probe(n)?

Ermitteln Sie die optische Dichte (OD) mit einem Spektrophotometer bei 260nm und 280nm.

Um reproduzierbare und zuverlässige Ergebnisse zu erzielen, sollte der OD260-Wert zwischen 0,05 und 0,8 liegen. Das OD 260/280-Verhältnis sollte 1,8 sein. Werte unter 1,6 bzw. höher als 2,0 sind ein Hinweis auf Kontaminationen in der Probe, die die Konzentrationsbestimmung negativ beeinflussen und höchstwahrscheinlich zu schlechten Sequenzierergebnissen führen.

Wir empfehlen zusätzlich eine OD-Messung bei 230nm und 320nm. Ein hoher OD320-Wert deutet eine eventuelle Kontamination an. Der Wert sollte idealerweise bei 0,0 liegen. Das OD 230/260-Verhältnis sollte kleiner als 0,6 sein.

Um sich der Qualität Ihrer DNA ganz sicher zu sein, empfehlen wir eine zusätzliche Kontrolle mittels Agarosegel.

Welche Aufreinigungsmethode(n) soll ich verwenden?

Für Plasmide empfehlen wir kommerziell erhältliche Mini Scale Präparations-Kits. Erfahrungsgemäß wird die DNA-Qualität und somit das Sequenzierergebnis verbessert, wenn der Waschschritt wiederholt wird.
Bitte senden Sie keine DNA, die mit Hilfe alkalischer Lyse oder Boiling-Methode nach Holmes und Quigley, 1981 ohne anschließende Säulchenreinigung isoliert wurde.

Für PCR-Produkte sollten kommerziell erhältliche PCR-Aufreinigung „Spin Column Kits“ verwendet werden.

Kann ich meine DNA in Tris-EDTA (TE) einsenden?

Nein, bitte nicht.

EDTA bindet bivalente Kationen wie Magnesium (Mg++), die essentiell für die Taq-Polymerase sind. DNA ist über mehrere Tage in bi-destilliertem Wasser oder Tris-HCl bei Raumtemperatur stabil. In getrocknetem Zustand ist DNA sogar noch länger haltbar. Falls Sie Ihre DNA trotzdem in Tris-EDTA lagern möchten, entnehmen Sie vorab ein Aliquot des Eluats und senden dieses an unsere Sequenzierabteilung.

Sollte ich meine DNA auf Trockeneis versenden?

Das ist nicht notwendig; DNA ist über mehrere Tage in bi-destilliertem Wasser oder Tris-HCl bei Raumtemperatur stabil. Bitte lösen Sie Ihre DNA keinesfalls in Tris-EDTA, da dies negative Auswirkung auf die Taq-Polymerase hat.

Kann ich ungereinigte PCR-Produkte oder Klone einsenden?

Ja.

Wir bieten für alle Custom Sequencing Services DNA-Präparationen und PCR-Produktaufreinigungen als zusätzliche Dienstleistung an. 

Welche E.coli Stämme soll ich verwenden?

Obwohl der verwendete Stamm signifikanten Einfluss auf die DNA-Qualität haben kann, sind die meisten E.coli Stämme zur DNA-Isolierung geeignet.

Bakterienstämme wie DH10b, DH5 alpha, XL10 Gold und TOP10 liefern in Kombination mit vielen der kommerziell erhältlichen DNA-Präparations-Kits in der Regel eine hohe DNA-Qualität und gelten daher für die Plasmid-Sequenzierung als sehr geeignet.

Eine schlechtere DNA-Qualität liefern Stämme, die hohe Mengen an Kohlehydraten produzieren, welche dann während der Lyse freigesetzt werden und Enzymaktivitäten blockieren. Beispiele sind HB101 und dessen Derivate wie beispielsweise TG1 und die JM100 Serie.
Auch Stämme mit mittleren oder hohen Endonukleaseaktivitäten wie beispielsweise der HB101, JM101 oder BL21 produzieren DNA mit geringerer Qualität. In diesem Fall sollte eine Proteinase-K-Behandlung in Betracht gezogen werden.

Ist es notwendig mein PCR-Produkt aufzureinigen, wenn nur eine Bande zu sehen ist?

Das Produkt muss von Primer- und dNTP Rückständen befreit sein. Vorhandene Primerrückstände führen zu Mischsequenzen – bereits ein fünfprozentiger Anteil an Primer führt bereits zu unleserlichen Mischsequenzen. Die dNTPs würden die dNTP/ddNTP-Konzentration in der Sequenzierreaktion beeinflussen. Wir empfehlen daher die Aufreinigung mit kommerziell erhältlichen PCR-Aufreinigungs- „Spin Column“ Kits“.

Ich sehe unspezifische Banden in meiner PCR-Reaktion. Sollte ich mein Produkt über ein Gel aufreinigen?

Falls Sie Ihren PCR-Primer in der Sequenzierreaktion verwenden wollen, ist es notwendig Ihr PCR-Produkt über ein Agarose-Gel aufzureinigen. Andernfalls erhalten Sie eine Mischsequenz, da sich Ihr Primer höchstwahrscheinlich an beide Produkte, d.h. sowohl dem spezifischen als auch dem unspezifischen, binden wird.
Wenn Sie einen spezifischen Nested Primer für die Sequenzierung einsetzen wollen, könnte das auch ohne vorherige Aufreinigung funktionieren.
Die beste Garantie für ein gutes Sequenzierergebnis ist allerdings nach wie vor, dass sich nur ein Produkt in der PCR-Reaktion befindet. Um unspezifische PCR-Produkte zu vermeiden, hilft es bereits in den meisten Fällen die PCR-Konditionen anzupassen (z.B. Primer-Design, höhere Annealing-Temperatur und/oder geringere Primer Konzentration).

Primers & More

Welche Standard Primer bietet Eurofins Genomics an?

Mehr als 70 verschiedene Vektor Primer stehen Ihnen für Ihre DNA Sequenzierung zur Verfügung. Hier finden Sie die komplette Liste der kostenlosen Standard Primer.

Kann ich meine eigenen Sequenzierprimer senden?

Ja, klar.

Geben Sie einfach den Namen und die Sequenz des Primers, den Sie uns senden wollen als enclosed Primer in Ihrem Ecom-Bestellformular an.

Die nötigen Volumen und Konzentrationsangaben finden Sie auf der jeweiligen Service-Seite unter  “Probenvorbereitung” auf unserer Website.

Kann Eurofins Genomics Primer für mich synthetisieren? Wie bestelle ich diesen Service?

Ja. In unserer hausinternen Oligosynthese.
Geben Sie den Namen und die Sequenz des Primers, den Sie bei uns synthetisieren lassen wollen, unter "Order a Primer" bei Ihrer Sequenzierbestellung mit an.

Bitte beachten Sie, dass wir diese Primer sechs Wochen lang für Sie lagern, sodass Sie innerhalb dieses Zeitraums einzelne Sequenzierungen mit diesem Primer nachbestellen können.

Wie und in welcher Konzentration kann ich meine Primer senden?

Die entsprechenden Angaben zu Primer Konzentrationen und Lösungsvolumina finden Sie auf den jeweiligen Produktseiten unter "Probenvorbereitung".

Technical Questions

Was ist eine BLASTx-Analyse? Welche Daten erhalte ich?

BLAST (Abk. für engl. Basic Local Alignment Search Tool) ist der Überbegriff für eine Sammlung der weltweit am häufigsten genutzten Programme zur Analyse biologischer Sequenzdaten.
Mit BLASTx werden experimentell ermittelte DNA-Sequenzen mit bereits vorhandenen Sequenzen verglichen, die in der nicht redundanten Protein-Datenbank von NCBI abgelegt sind. Dieser Service wird verwendet, um eine potentielle Translation einer unbekannten Nukleotidsequenz zu finden.

Was ist der IUPAC Code? Welche Ergebnisse erhalte ich?

Die DNA-Basenidentifikation beruht auf der Nomenklatur, die von der International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC) ausgegeben wurde. Bei nicht eindeutiger Basenidentifikation werden folgende IUPAC-Codes verwendet:

G/T = K C/T = Y A/C/G = V
A/G = R A/C = M C/T/G/ = B
G/C = S A/G/T = D A/C/G/T = N
A/T = W A/C/T = H

Was ist die Platten-Ergebnisübersicht (plate result summary)?

Die “plate result summary” ist eine Übersicht über die Ergebnisse aller sequenzierten Proben pro Platte. Diese beinhaltet in entsprechender Reihenfolge den Namen der jeweiligen Probe und deren Wellposition, die Leselänge nach dem Quality Clip, die Positionen der Quality Clips und den Qualitätswert der gesamten Sequenz.

Was sind Q20 (Q30 / Q40) Basen?

Eurofins Genomics verwendet ein Basecalling-Programm, dass jeden Peak jeder Base einzeln untersucht und anhand dessen an jede Base einen Qualitätswert (Q) vergibt. Qualitätswerte variieren im Bereich von 4 bis ca. 60, je höher der Wert, desto höher die Qualität.

Die Qualitätswerte haben einen logarithmischen Bezug zu Fehlerwahrscheinlichkeiten in der Sequenz. Eine Aufstellung sehen Sie in folgender Tabelle:

QualitätswertWahrscheinlichkeit einer falsch gelesenen BaseSequenzgenauigkeit
Q 10 1 in 10 90 %
Q 20 1 in 100 99 %
Q 30 1 in 1.000 99.9 %
Q 40 1 in 10.000 99.99 %
Q 50 1 in 100.000 99.999 %

Welche Sequenziermethode setzt Eurofins Genomics ein?

Für alle Custom Sequencing Services setzen wir die Cycle Sequencing Technologie (dideoxy chain termination / cycle sequencing) auf ABI 3730XL-Sequenzern ein.

Was ist die „Cycle Sequencing“ Technik?

Cycle-Sequencing, ist eine Modifikation der traditionellen Sanger-Sequenziermethode. Die Komponenten sind DNA, Primer, hitzebeständige DNA-Polymerase, 4 dNTP´s, 4 ddNTP´s (dideoxy terminator nucleotides) fluoreszenzmarkiert mit vier verschiedenen Farbstoffen sowie Puffer mit MG++ und K+-Ionen. Der einzelne Primer bindet an den komplementären DNA-Strang und wird in linearer Form verlängert. Diese Verlängerung wird so lange fortgeführt, bis zufälligerweise und abhängig von der komplementären Base ein bestimmtes ddNTP gekoppelt wird. Bedingt durch die Dideoxy-Beschaffenheit kann die Polymerase keine weitere Base mehr an diesem Fragment anfügen und die Verlängerung bricht ab.

Auf diese Weise erhält man am Ende einer definierten Anzahl an Zyklen eine Vielzahl an Fragmenten mit verschiedenen Längen und farbstoffmarkierten Enden.

Die stöchiometrische Beeinflussung der einzelnen Reaktionskomponenten stellt sicher, dass Fragmente jeder möglichen Länge generiert werden. Angenommen es werden 2.000 Basen generiert, dann erhalten wir alle Fragmente angefangen von n+1 bis 2.000, wenn n die Anzahl der Basen im Primer ist.

Der Hauptunterschied zwischen der traditionellen Sanger-Methode und der Cycle-Sequencing-Methode ist die Einführung der thermostabilen DNA-Polymerase. Der Vorteil dieser Polymerase ist, dass die Sequenzierreaktion immer wieder in demselben Tube wiederholt werden kann. Dabei wird das Reaktionsgemisch im Wechsel erhitzt und abgekühlt, einerseits um die DNA zu denaturieren und anderseits zum Annealen des Primers, um neue Sequenzketten zu bilden.

Aus diesem Grund wird weniger Template-DNA benötigt als bei konventionellen Sequenzierreaktionen.

Nach der Aufreinigung der Sequenzierreaktionen werden die Proben elektrokinetisch in die Kapillaren des 96-Kapillarsequenzierers injiziert.

Die negativ geladenen Fragmente wandern der Größe nach geordnet die Anode entlang, wobei die kleinsten Fragmente am schnellsten sind. Durch ihre angehängten ddNTP-Terminatoren kann die Basensequenz des Fragments gelesen werden.

Ein Laserstrahl regt in dem Moment, in dem die Fragmente das Detektionsfenster erreichen diese Farbstoffmoleküle an und produziert somit Fluoreszenzsignale. Diese Signale werden von allen 96 Kapillaren gleichzeitig gesammelt, spektral voneinander getrennt und auf eine CCD (charge-coupled device) Kamera fokussiert.

Äußerst hochentwickelte optische und elektronische Apparate produzieren ein farbiges Schema, das mit Hilfe einer Sequenzanalysesoftware in eine lesbare Sequenz übersetzt wird.

Was ist der Qualitätsreport?

In dem Qualitätsreport (*.pdf Format) bestehend aus den ABI-Trace-Dateien werden die Qualitätswerte jeder einzelnen Base farbig unterhalb jedes Peaks dargestellt. Jede der vier verschiedenen Farben repräsentiert jeweils einen spezifizierten Qualitätsbereich.

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